OpenHCS — MCP-сервер для Claude Code: что делает и как установить
MCP-сервер для сборки, валидации и запуска пайплайнов анализа микроскопии высокого разрешения через Claude Code или другие совместимые клиенты.
claude mcp add openhcs -- uvx openhcsЧто делает OpenHCS
OpenHCS связывает графический интерфейс и код на Python в общую систему обработки микроскопических снимков. Архитектура построена по принципу предварительной компиляции. Перед обработкой план проверяет форматы источников, контракты памяти и требования воркеров. Ошибки конфигурации вскрываются сразу, предотвращая падения посреди многочасовых расчётов.
Агент через протокол MCP изучает доступные функции, строит цепочки анализа и запускает вычисления. Снимки, маски объектов и таблицы измерений сохраняются в хранилище PolyStore или передаются напрямую в Napari и Fiji через изолированный ZMQ-транспорт. Для работы понадобятся Python 3.11–3.13 и окружение с утилитой uvx.
Пайплайны остаются двусторонними: их можно править в коде или импортировать из существующих файлов CellProfiler .cppipe. Наличие дискретной видеокарты не обязательно, поскольку OpenHCS умеет распределять задачи по ядрам процессора через ProcessPoolExecutor.
Какие задачи решает
- проверить пайплайн микроскопии до запуска пакетных вычислений
- сконвертировать цепочку анализа из CellProfiler в исполняемый Python
- настроить потоковую передачу промежуточных снимков в Napari или Fiji
- распределить расчёт показателей по планшетам между процессами или GPU
Примеры запросов агенту
- Изучи файлы в папке со снимками и собери проверенный пайплайн сегментации клеток
- Сконвертируй пайплайн CellProfiler из
pipeline.cppipeв конфигурацию OpenHCS - Запусти валидацию пайплайна и включи стрим результатов в Napari
Как установить OpenHCS
Командой платформы
claude mcp add openhcs -- uvx openhcsuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from openhcs <команда>
Командой платформы
codex mcp add openhcs -- uvx openhcsuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from openhcs <команда>
Файл настроек
{
"mcpServers": {
"openhcs": {
"command": "uvx",
"args": [
"openhcs"
]
}
}
}uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from openhcs <команда>
Файл настроек
{
"servers": {
"openhcs": {
"type": "stdio",
"command": "uvx",
"args": [
"openhcs"
]
}
}
}uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from openhcs <команда>
Командой платформы
gemini mcp add openhcs uvx openhcsuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from openhcs <команда>
По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о OpenHCS
Как установить OpenHCS в Claude Code?
Выполните команду claude mcp add openhcs -- uvx openhcs. Для запуска потребуется установленная утилита uvx и Python версии 3.11–3.13.
Что делает MCP-сервер OpenHCS?
Он предоставляет агенту функции для чтения микроскопических снимков, построения типизированных пайплайнов, их компиляции и пакетного выполнения.
Обязательно ли иметь GPU для работы OpenHCS?
Нет, библиотеки для GPU остаются опциональными. При отсутствии видеокарты вычисления распределяются по ядрам центрального процессора через ProcessPoolExecutor.
