Mass Spectrometry Data — MCP-сервер для Claude Code
Даёт агенту доступ к файлам LC-MS: список прогонов, хроматограммы, спектры, поиск MS2 по прекурсору и быстрый QC.
claude mcp add --env LABMCP_ADDRESS=<LABMCP_ADDRESS> --env LABMCP_SIMULATE=<LABMCP_SIMULATE> --env LABMCP_READ_ONLY=<LABMCP_READ_ONLY> --env LABMCP_LIMITS=<LABMCP_LIMITS> --transport stdio ms-data -- uvx labmcp-ms-dataЧто делает Mass Spectrometry Data (mzML, Bruker TDF, vendor conversion)
Сервер читает прогоны LC-MS из папки с данными: перечисляет файлы, показывает параметры прибора и сбора, строит TIC и BPC, извлекает ионные хроматограммы с вершиной и площадью, ищет MS2-сканы по m/z прекурсора. Форматы mzML, mzML.gz и mzMLb разбираются через pyteomics, Bruker timsTOF (.d, TDF) читается напрямую по схеме SQLite и через timsrust. Это сервер данных: железом он не управляет.
Вендорские файлы Thermo, Waters, Agilent, SCIEX, Shimadzu и Bruker BAF конвертируются в mzML тем конвертером, который вы поставили сами. Пакет не тащит и не скачивает вендорские библиотеки. Варианты: ThermoRawFileParser для Thermo на любой ОС, msconvert из ProteoWizard на Windows, либо msconvert в Docker на Linux и macOS. В последнем случае вы принимаете вендорские лицензии, а на Apple Silicon контейнер идёт через эмуляцию x86-64 и работает медленно.
Папку данных задаёт --address; по умолчанию берётся текущая директория. Без --address сервер не стартует в корне файловой системы, куда многие MCP-клиенты его запускают. Агент видит только эту папку: пути с .., абсолютные пути наружу и симлинки за её пределы отклоняются. Флаг --read-only убирает convert_to_mzml — единственный инструмент, который пишет файл данных; выгрузки CSV с save_path внутри папки остаются. Имя для save_path должно оканчиваться на .csv, существующий файл не перезаписывается без overwrite=true.
Какие задачи решает
- посмотреть, какие прогоны LC-MS лежат в папке
- вытащить параметры прибора и метода сбора
- построить TIC или BPC по прогону
- найти MS2-сканы по заданному m/z прекурсора
- посчитать площадь и вершину ионной хроматограммы
Примеры запросов агенту
- Покажи список прогонов в папке с данными и параметры прибора
- Построй BPC для последнего прогона и подпиши, какой ион доминирует
- Найди MS2-сканы с прекурсором m/z 195.08 в окне удержания
Как установить Mass Spectrometry Data (mzML, Bruker TDF, vendor conversion)
Командой платформы
claude mcp add --env LABMCP_ADDRESS=<LABMCP_ADDRESS> --env LABMCP_SIMULATE=<LABMCP_SIMULATE> --env LABMCP_READ_ONLY=<LABMCP_READ_ONLY> --env LABMCP_LIMITS=<LABMCP_LIMITS> --transport stdio ms-data -- uvx labmcp-ms-dataВместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-ms-data <команда>
Командой платформы
codex mcp add ms-data --env LABMCP_ADDRESS=<LABMCP_ADDRESS> --env LABMCP_SIMULATE=<LABMCP_SIMULATE> --env LABMCP_READ_ONLY=<LABMCP_READ_ONLY> --env LABMCP_LIMITS=<LABMCP_LIMITS> -- uvx labmcp-ms-dataВместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-ms-data <команда>
Файл настроек
{
"mcpServers": {
"ms-data": {
"command": "uvx",
"args": [
"labmcp-ms-data"
],
"env": {
"LABMCP_ADDRESS": "<LABMCP_ADDRESS>",
"LABMCP_SIMULATE": "<LABMCP_SIMULATE>",
"LABMCP_READ_ONLY": "<LABMCP_READ_ONLY>",
"LABMCP_LIMITS": "<LABMCP_LIMITS>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-ms-data <команда>
Файл настроек
{
"servers": {
"ms-data": {
"type": "stdio",
"command": "uvx",
"args": [
"labmcp-ms-data"
],
"env": {
"LABMCP_ADDRESS": "<LABMCP_ADDRESS>",
"LABMCP_SIMULATE": "<LABMCP_SIMULATE>",
"LABMCP_READ_ONLY": "<LABMCP_READ_ONLY>",
"LABMCP_LIMITS": "<LABMCP_LIMITS>"
}
}
}
}Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-ms-data <команда>
Командой платформы
gemini mcp add -e LABMCP_ADDRESS=<LABMCP_ADDRESS> -e LABMCP_SIMULATE=<LABMCP_SIMULATE> -e LABMCP_READ_ONLY=<LABMCP_READ_ONLY> -e LABMCP_LIMITS=<LABMCP_LIMITS> ms-data uvx labmcp-ms-dataВместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-ms-data <команда>
По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о Mass Spectrometry Data (mzML, Bruker TDF, vendor conversion)
Как установить Mass Spectrometry Data в Claude Code?
Добавьте сервер командой claude mcp add labmcp-ms-data -- uvx labmcp-ms-data. Если нужны переменные окружения, используйте вариант с --env: `claude mcp add --env LABMCP_ADDRESS=<LABMCP_ADDRESS> --env LABMCP_SIMULATE=<LABMCP_SIMULATE> --env LABMCP_READ_ONLY=<LABMCP_READ_ONLY> --env LABMCP_LIMITS=<LABMCP_LIMITS> --transport stdio ms-data -- uvx labmcp-ms-data`.
Что делает этот MCP-сервер?
Открывает агенту доступ к данным LC-MS: список прогонов, TIC и BPC, ионные хроматограммы с вершиной и площадью, спектры, поиск MS2 по прекурсору. Плюс конвертация вендорских файлов в mzML.
Нужны ли вендорские библиотеки?
Нет, пакет их не включает и не скачивает. Конвертер — ThermoRawFileParser, msconvert или msconvert в Docker — вы ставите сами, иначе convert_to_mzml вернёт инструкцию по установке.
