GeneBe — MCP-сервер для Claude Code: аннотация генетических вариантов
Подключает к ассистенту данные о генетических вариантах: классификация ACMG с баллами, частоты gnomAD, ClinVar. Для исследовательской работы.
claude mcp add --transport http genebe-mcp https://mcp.genebe.net/v1/mcpЧто делает GeneBe
GeneBe MCP даёт ассистенту возможность не угадывать клинический статус варианта, а смотреть его в базе. На вход принимается любая запись: геномные координаты, HGVS, rsID или SPDI; сборки hg19, hg38 и T2T поддерживаются через liftover. По умолчанию сборка hg38.
Ответ приходит с обоснованием: классификация ACMG по баллам, каждый критерий с пояснением, частоты gnomAD, оценки in-silico предикторов, данные ClinVar, последствия по каждому транскрипту и ссылка на страницу GeneBe. Большие списки обрезаются, поэтому один вызов стоит примерно 1–3k токенов.
Сервер удалённый, регистрация и ключ API не нужны — добавляется только URL https://mcp.genebe.net/v1/mcp. Доступ только на чтение, файлы VCF и данные пациентов не отправляются. Классификации нельзя использовать в клинической практике без проверки квалифицированным специалистом: это не медицинское изделие и не диагноз.
Какие задачи решает
- проверить, доброкачественный ли вариант NM_005577.4:c.4195A>C
- объяснить, почему вариант получил именно такую классификацию ACMG
- перевести rs41272110 в координаты hg38
- посмотреть последствия варианта на каждом транскрипте
- поднять частоты gnomAD и данные ClinVar по одному варианту
Примеры запросов агенту
- Проверь вариант chr6-160585140-T-G и объясни, почему он классифицирован именно так
- Переведи rs41272110 в hg38 и покажи последствия на каждом транскрипте
- Что известно про ген LPA: идентификаторы, MANE Select, транскрипты
Как установить GeneBe
Командой платформы: удалённый сервер
claude mcp add --transport http genebe-mcp https://mcp.genebe.net/v1/mcpКомандой платформы: удалённый сервер
codex mcp add genebe --url https://mcp.genebe.net/v1/mcpФайл настроек
{
"mcpServers": {
"genebe": {
"url": "https://mcp.genebe.net/v1/mcp"
}
}
}Файл настроек
{
"servers": {
"genebe": {
"type": "http",
"url": "https://mcp.genebe.net/v1/mcp"
}
}
}Командой платформы: удалённый сервер
gemini mcp add -t http genebe https://mcp.genebe.net/v1/mcpПо шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о GeneBe
Как установить GeneBe в Claude Code?
Одной командой: claude mcp add --transport http genebe https://mcp.genebe.net/v1/mcp. Регистрация и ключ API не требуются.
Что делает GeneBe MCP?
Аннотирует и классифицирует человеческие генетические варианты: возвращает вердикт ACMG с баллами и критериями, частоты gnomAD, оценки предикторов, данные ClinVar и последствия по транскриптам.
Можно ли использовать результаты в клинической практике?
Нет. Сервер помечен как research use only, это не медицинское изделие и не диагноз. Классификацию должен проверить квалифицированный специалист.
