ChatSpatial — MCP-сервер для Claude Code
ChatSpatial запускает анализ пространственной транскриптомики через MCP: модель выбирает инструменты и параметры из заданных схем. Подойдёт для работы с пространственными данными и биологическими методами анализа.
claude mcp add chatspatial -- uvx chatspatialЧто делает ChatSpatial
Сервер предоставляет 20 MCP-инструментов для работы с 67 методами в 13 аналитических категориях. Среди задач — загрузка и предобработка данных, визуализация, поиск пространственных доменов, анализ экспрессии и межклеточных взаимодействий. Поддерживаются 10x Visium, Xenium, Slide-seq v2, MERFISH и seqFISH.
Вместо генерации произвольного скрипта модель выбирает инструмент и его параметры из схемы. Это помогает воспроизводить рабочие процессы между сессиями и клиентами. Подключение использует STDIO; для HTTP нужно отдельно настроить Streamable HTTP.
Для установки через Claude Code нужна команда uvx: claude mcp add chatspatial -- uvx chatspatial. После добавления перезапустите MCP-клиент. Некоторые методы требуют отдельных компонентов: например, SpaGCN входит в дополнительный набор spatial-domains.
Какие задачи решает
- загрузить пространственные данные и подготовить их к анализу
- построить визуализацию экспрессии генов по координатам
- найти пространственные домены в ткани
- оценить взаимодействия между типами клеток
- сравнить экспрессию генов между группами
Примеры запросов агенту
- Загрузи пространственные данные и покажи экспрессию выбранного гена по координатам.
- Найди пространственные домены в этом наборе данных с помощью Leiden.
- Оцени взаимодействия между типами клеток в образце.
Как установить ChatSpatial
Командой платформы
claude mcp add chatspatial -- uvx chatspatialuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from chatspatial <команда>
Командой платформы
codex mcp add chatspatial -- uvx chatspatialuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from chatspatial <команда>
Файл настроек
{
"mcpServers": {
"chatspatial": {
"command": "uvx",
"args": [
"chatspatial"
]
}
}
}uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from chatspatial <команда>
Файл настроек
{
"servers": {
"chatspatial": {
"type": "stdio",
"command": "uvx",
"args": [
"chatspatial"
]
}
}
}uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from chatspatial <команда>
Командой платформы
gemini mcp add chatspatial uvx chatspatialuvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from chatspatial <команда>
По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие
Вопросы о ChatSpatial
Как установить ChatSpatial в Claude Code?
Выполните claude mcp add chatspatial -- uvx chatspatial, затем перезапустите MCP-клиент.
Что делает ChatSpatial?
Он предоставляет MCP-инструменты для анализа пространственной транскриптомики. Модель выбирает методы и параметры из схем, а не генерирует произвольные скрипты.
Какие данные поддерживает ChatSpatial?
Среди поддерживаемых платформ — 10x Visium, Xenium, Slide-seq v2, MERFISH и seqFISH.
