uniprot-skill — скилл для Codex: что делает и как установить
Скилл отправляет короткие запросы к UniProt REST API и возвращает сводки по белкам, кластерам и последовательностям. Пригодится для точечных биоинформатических запросов.
npx skills add openai/plugins --skill uniprot-skill -a codexЧто делает uniprot-skill
uniprot-skill помогает агенту обращаться к UniProt REST API через scripts/rest_request.py. Он поддерживает UniProtKB, UniRef, UniParc и потоковые FASTA-запросы. По умолчанию агент получает компактную сводку, а полный JSON или FASTA сохраняется в файл только по запросу.
Запрос описывается одним JSON-объектом из stdin. В нём задаются base_url, path и при необходимости параметры, заголовки, формат ответа, лимит записей и путь для сохранения результата. Для поиска можно использовать uniprotkb/search, для записи по accession — uniprotkb/, а для последовательностей — uniprotkb/stream.
Скилл стоит поставить, если агенту нужны повторяемые запросы к UniProt и краткие результаты в чате. Для полного машинного вывода нужно отдельно попросить JSON или FASTA и включить сохранение сырого ответа.
Какие задачи решает
- найти записи UniProtKB по гену и организму
- получить данные по accession белка
- собрать краткую сводку по кластеру UniRef
- выгрузить последовательности в формате FASTA
Примеры запросов агенту
- Найди записи по `gene:TP53 AND organism_id:9606` и покажи accession с именами генов.
- Получи JSON для `uniprotkb/P04637` и кратко опиши результат.
- Запроси две FASTA-записи для организма `562` через `uniprotkb/stream`.
Как установить uniprot-skill
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill uniprot-skill -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/uniprot-skill/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill uniprot-skill -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/uniprot-skill/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/uniprot-skill/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/uniprot-skill/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install openai/plugins uniprot-skill2Вручную: положить файлы
.github/skills/uniprot-skill/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/uniprot-skillВручную: положить файлы
.devin/skills/uniprot-skill/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
Из того же набора201
Весь набор →Похожие
Вопросы о uniprot-skill
Как установить uniprot-skill в Codex?
Выполните npx skills add openai/plugins --skill uniprot-skill или npx skills add openai/plugins --skill uniprot-skill -a codex. Файл скилла появится по пути .agents/skills/uniprot-skill/SKILL.md.
Что делает uniprot-skill?
Он отправляет компактные запросы к UniProt REST API через scripts/rest_request.py и возвращает краткие результаты для UniProtKB, UniRef, UniParc и FASTA.
Что нужно для работы скилла?
Скилл использует scripts/rest_request.py и принимает JSON через stdin. Для полного JSON или FASTA нужно запросить сохранение сырого ответа с параметром save_raw=true.
