rcsb-pdb-skill — скилл для Codex: что делает и как установить
Скилл отправляет запросы к RCSB PDB для метаданных, поиска и FASTA. Подойдёт для точечных структурных запросов и коротких сводок.
npx skills add openai/plugins --skill rcsb-pdb-skill -a codexЧто делает rcsb-pdb-skill
rcsb-pdb-skill помогает Codex работать с RCSB PDB. Он запрашивает основные метаданные записей и сборок, выполняет поисковые POST-запросы через Search API и получает FASTA-файлы. По умолчанию агент возвращает короткую сводку, а сырые JSON или FASTA сохраняет только по запросу.
Внутри есть скрипт scripts/rest_request.py: он принимает JSON из stdin и поддерживает параметры запроса, заголовки, тело запроса, выбор пути записи, формат ответа и сохранение результата. Для FASTA скрипт может вернуть начало текста, а для API-запросов — компактные записи или сводку. Запросы стоит повторять в длинном диалоге, потому что старый вывод может устареть.
Ставьте этот скилл, если в работе нужны данные RCSB PDB через Codex или ChatGPT. Для других источников структурных данных он не предназначен.
Какие задачи решает
- найти запись RCSB PDB по текстовому запросу
- получить метаданные структуры или сборки
- скачать FASTA для записи
- сформировать короткую сводку по ответу API
Примеры запросов агенту
- Найди в RCSB PDB записи по запросу hemoglobin и верни 10 результатов.
- Получи основные метаданные для записи 4hhb.
- Скачай FASTA для 4HHB и покажи начало текста.
Как установить rcsb-pdb-skill
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill rcsb-pdb-skill -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/rcsb-pdb-skill/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill rcsb-pdb-skill -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/rcsb-pdb-skill/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/rcsb-pdb-skill/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/rcsb-pdb-skill/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install openai/plugins rcsb-pdb-skill2Вручную: положить файлы
.github/skills/rcsb-pdb-skill/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/rcsb-pdb-skillВручную: положить файлы
.devin/skills/rcsb-pdb-skill/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
Из того же набора201
Весь набор →Похожие
Вопросы о rcsb-pdb-skill
Как установить rcsb-pdb-skill в Codex?
Выполните npx skills add openai/plugins --skill rcsb-pdb-skill. Файл скилла появится в .agents/skills/rcsb-pdb-skill/SKILL.md.
Что делает rcsb-pdb-skill?
Он отправляет запросы к RCSB PDB и возвращает короткие результаты по метаданным, поиску или FASTA. Сырые данные сохраняются только по запросу.
С какими платформами работает rcsb-pdb-skill?
Скилл рассчитан на Codex и ChatGPT. Для API-вызовов используется scripts/rest_request.py, который читает один JSON-объект из stdin.