ncbi-datasets-skill — скилл для Codex: что делает и как установить
Скилл отправляет точечные запросы к NCBI Datasets v2 и выдаёт краткие сводки по геномам или таксономии. Пригодится, когда нужны метаданные без выгрузки тяжелых дампов.
npx skills add openai/plugins --skill ncbi-datasets-skill -a codexЧто делает ncbi-datasets-skill
Скилл передаёт структурированный JSON через стандартный ввод в скрипт scripts/ncbi_datasets.py. Скрипт обращается к REST-эндпоинтам Datasets v2 и возвращает данные по геномам, сборкам или таксономии. По умолчанию агент формирует короткую сводку в формате разметки. Он не забивает контекст лишними полями.
Для работы требуется локальный Python. В запросе обязателен параметр path, а объем выборки можно ограничить через max_items или params. Если вам нужен полный сырой ответ, укажите флаг save_raw=true, и скрипт запишет JSON в файл по пути raw_output_path.
Этот инструмент нужен тем, кто регулярно запрашивает метаданные организмов в диалоге с моделью. Для скачивания самих многогигабайтных файлов сборок он не предназначен.
Какие задачи решает
- получать краткие отчёты по геномам через NCBI Datasets v2
- запрашивать метаданные таксономии по номеру таксона
- сохранять сырой ответ API в отдельный JSON-файл
- проверять статус сборки по ее коду accession
Примеры запросов агенту
- Найди сводку по таксону 9606 через ncbi-datasets-skill
- Запроси отчёт по сборке GCF_000001405.40 и покажи краткие данные
- Получи метаданные генома для таксона 9606 и сохрани сырой ответ на диск
Как установить ncbi-datasets-skill
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill ncbi-datasets-skill -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/ncbi-datasets-skill/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill ncbi-datasets-skill -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/ncbi-datasets-skill/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/ncbi-datasets-skill/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/ncbi-datasets-skill/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install openai/plugins ncbi-datasets-skill2Вручную: положить файлы
.github/skills/ncbi-datasets-skill/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/ncbi-datasets-skillВручную: положить файлы
.devin/skills/ncbi-datasets-skill/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
Из того же набора201
Весь набор →Похожие
Вопросы о ncbi-datasets-skill
Как установить ncbi-datasets-skill в Codex?
Выполните команду npx skills add openai/plugins --skill ncbi-datasets-skill в терминале проекта. После этого скилл станет доступен агенту.
Что делает ncbi-datasets-skill?
Скилл выполняет точечные запросы к API NCBI Datasets v2 через вспомогательный скрипт. В чат он выводит компактные выжимки по сборкам, геномам и таксонам.
Как получить полный ответ API вместо краткой выжимки?
Попросите агента сохранить сырые данные, передав флаг save_raw=true. Скрипт запишет полный JSON по указанному пути raw_output_path.
