ncbi-blast-skill — скилл для Codex: что делает и как установить
Запускает поиск в NCBI BLAST через Common URL API, опрашивает статус по RID и формирует компактные отчёты по найденным совпадениям для нуклеотидов или белков.
npx skills add openai/plugins --skill ncbi-blast-skill -a codexЧто делает ncbi-blast-skill
Скилл запускает поиск через скрипт scripts/ncbi_blast.py, который обращается к сервису NCBI через Blast.cgi. Он выполняет программы blastn, blastp, blastx, tblastn и tblastx. Для запуска передаются база данных, последовательность FASTA и контактный адрес электронной почты. Скрипт считывает параметры из stdin и выводит компактную сводку с ограничением до 5 лучших совпадений.
Инструмент соблюдает лимиты запросов к серверам NCBI: пауза не менее 10 секунд между обращениями и не менее 60 секунд между проверками одного RID. Если нужны полные данные в формате JSON2 или в виде текста, скрипт сохраняет их в отдельный файл. Для работы требуется Python с установленной библиотекой requests.
Этот скилл стоит поставить тем, кто запускает выравнивание последовательностей из ассистента и не хочет отслеживать RID вручную. Если обращения к базам NCBI в проекте не нужны, скилл ставить незачем.
Какие задачи решает
- отправить белковую или нуклеотидную последовательность в NCBI BLAST
- проверить готовность задачи по идентификатору RID
- получить компактный список лучших совпадений с evalue и bit_score
- сохранить сырые результаты JSON2 или текстовые выравнивания в файл
Примеры запросов агенту
- Запусти blastp для последовательности MTEYK в базе swissprot с почтой [email protected]
- Проверь статус задачи NCBI BLAST для переданного RID
- Запроси результаты по RID и сохрани вывод JSON2 в файл
Как установить ncbi-blast-skill
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill ncbi-blast-skill -a codex2Вручную: положить файлы
.agents/skills/ncbi-blast-skill/SKILL.mdДля всех проектов — ~/.agents/skills/
1Через Skills CLI (Vercel)
npx skills add openai/plugins --skill ncbi-blast-skill -a claude-code2Вручную: положить файлы
~/.claude/skills/ncbi-blast-skill/SKILL.mdПапка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/ncbi-blast-skill/
Вручную: положить файлы
.cursor/skills/ncbi-blast-skill/SKILL.mdCursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/
1GitHub CLI
gh skill install openai/plugins ncbi-blast-skill2Вручную: положить файлы
.github/skills/ncbi-blast-skill/SKILL.mdКомандой платформы
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/ncbi-blast-skillВручную: положить файлы
.devin/skills/ncbi-blast-skill/SKILL.mdСтарый путь .windsurf/skills/ тоже читается
Claude.ai
Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills
Из того же набора201
Весь набор →Похожие
Вопросы о ncbi-blast-skill
Как установить ncbi-blast-skill в Codex?
Выполните команду npx skills add openai/plugins --skill ncbi-blast-skill -a codex в терминале.
Что делает ncbi-blast-skill?
Скилл отправляет запросы к сервису NCBI BLAST, проверяет готовность вычислений по RID и выдаёт краткие сводки совпадений.
Что требуется для запуска скрипта?
Нужен Python с установленным пакетом requests, который ставится командой python -m pip install requests, а также указание email для обращений к NCBI.
