К основному содержанию
MCP-сервер CX Codex

tooluniverse — MCP-сервер для Claude Code: что делает и как установить

Сервер даёт агентам доступ к научным базам, поиску по статьям и биоинформатическим пакетам. Помогает автоматизировать исследовательские сценарии прямо в чате с моделью.

Установить в Claude Code · Командой платформы Все способы и платформы ↓
claude mcp add --env OPENAI_API_KEY=<OPENAI_API_KEY> --env ANTHROPIC_API_KEY=<ANTHROPIC_API_KEY> --env GEMINI_API_KEY=<GEMINI_API_KEY> --env OPENROUTER_API_KEY=<OPENROUTER_API_KEY> --env AZURE_OPENAI_API_KEY=<AZURE_OPENAI_API_KEY> --transport stdio tooluniverse -- uvx tooluniverse
Открыть на GitHub

Что делает tooluniverse

Сервер подключает к модели каталоги научных данных, симуляции и утилиты для анализа публикаций через PubMed или ArXiv. Для снижения нагрузки на контекст предусмотрен компактный режим: он заменяет огромный список инструментов четырьмя-пятью базовыми функциями поиска. Это оставляет место под саму работу с гипотезами и расчётами.

Внутри работают протокол вызова инструментов, двухуровневый кэш в памяти и SQLite, а также консольная утилита tu. Для долгих задач вроде молекулярного докинга есть асинхронный режим. Проверить окружение помогает команда tooluniverse-doctor.

Для работы требуется Python 3.10 или свежее. На компьютерах Apple Silicon серверу нужна macOS 14, поскольку готовые сборки библиотеки faiss-cpu под эту архитектуру не выпускаются для старых версий системы.

Какие задачи решает

  • искать научные публикации по базам PubMed и ArXiv
  • запускать молекулярный докинг и симуляции в асинхронном режиме
  • сократить расход контекстного окна агента через компактный режим инструментов
  • проверять зависимости научных пакетов с помощью утилиты tooluniverse-doctor

Примеры запросов агенту

  • Найди недавние статьи по лечению редких заболеваний на PubMed и сопоставь их выводы.
  • Запусти поиск в ArXiv по белковым структурам и сохрани найденные идентификаторы.
  • Проверь статус установленных научных пакетов через tooluniverse-doctor.

Как установить tooluniverse

Командой платформы

claude mcp add --env OPENAI_API_KEY=<OPENAI_API_KEY> --env ANTHROPIC_API_KEY=<ANTHROPIC_API_KEY> --env GEMINI_API_KEY=<GEMINI_API_KEY> --env OPENROUTER_API_KEY=<OPENROUTER_API_KEY> --env AZURE_OPENAI_API_KEY=<AZURE_OPENAI_API_KEY> --transport stdio tooluniverse -- uvx tooluniverse

Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 12 переменных окружения — в README сервера. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from tooluniverse <команда>

По шагам, с командами для каждой платформы: Как подключить MCP-сервер: Claude Code, Codex, Cursor, VS Code, Gemini CLI и другие

Вопросы о tooluniverse

Как установить tooluniverse в Claude Code?

Выполните в терминале команду `claude mcp add --env OPENAI_API_KEY=<OPENAI_API_KEY> --env ANTHROPIC_API_KEY=<ANTHROPIC_API_KEY> --env GEMINI_API_KEY=<GEMINI_API_KEY> --env OPENROUTER_API_KEY=<OPENROUTER_API_KEY> --env AZURE_OPENAI_API_KEY=<AZURE_OPENAI_API_KEY> --transport stdio tooluniverse -- uvx tooluniverse`. Перед запуском укажите свои ключи API.

Что делает tooluniverse?

Сервер связывает языковую модель с научными базами данных, литературой и прикладными пакетами для биологических вычислений. Он позволяет агенту искать статьи, выполнять симуляции и строить цепочки обработки данных.

Какие системные требования нужны для запуска?

Требуется интерпретатор Python 3.10 или новее. На компьютерах Mac с процессорами Apple Silicon необходима macOS 14 или выше из-за отсутствия готовых сборок пакета faiss-cpu для старых версий.

Похожие MCP-серверы

Всё по теме «Наука и исследования» →
Zotero MCP 54yyyu Подключает библиотеку Zotero к ИИ-агенту: можно искать статьи, читать PDF, добавлять записи и работать с аннотациями. Пригодится для запросов к собственной коллекции исследований. CX Codex +1 ★ 5 548звёзд репо arxiv-mcp-server blazickjp Даёт агенту доступ к статьям arXiv: скачивает исходный LaTeX, читает разделы по отдельности и собирает цитаты прямо на локальном диске. CX Codex +1 ★ 3 231звёзд репо PaperBanana llmsresearch Генерирует научные диаграммы и статистические графики по текстовым описаниям с помощью мультиагентного пайплайна. CX Codex +1 ★ 2 417звёзд репо MATLAB MCP Server matlab Официальный MCP-сервер от MathWorks: агент запускает MATLAB, пишет и выполняет код, проверяет его на стиль и корректность. CX Codex +1 ★ 1 716звёзд репо Hex Research levnikolaevich Ведёт граф исследований: гипотезы, цели, прогоны, качество источников и аудиты. Пригодится, когда нужно не потерять, откуда взялся вывод. CX Codex +1 ★ 583звёзд репо DocsAgent — Zotero, Obsidian & Apple Notes MCP Server docsagent Подключает базы Zotero, хранилища Obsidian и заметки Apple Notes к ИИ-агентам для локального поиска по документам и заметкам. CX Codex +1 ★ 578звёзд репо

Из того же набора55

tooluniverse-install-skills Проверяет, стоят ли исследовательские скиллы ToolUniverse, и доустанавливает их, если каталогов нет. Пригодится после переезда между клиентами. CX Codex +1 359установок tooluniverse-multiomic-disease-characterization Скилл собирает отчёт о болезни по геномике, транскриптомике, протеомике и путям, ищет биомаркеры и мишени для терапии. CX Codex +1 358установок tooluniverse-immune-repertoire-analysis Разбирает данные секвенирования TCR и BCR: клонотипы, разнообразие, клональность, поиск специфичности к эпитопам. Нужен при мониторинге иммунного ответа. CX Codex +1 358установок tooluniverse-gwas-study-explorer Сравнивает исследования GWAS, вычисляет метаанализ ассоциаций и проверяет воспроизводимость локусов. Скилл запускает расчёты на Python и обращается к GWAS Catalog и Open Targets Genetics. CX Codex +1 357установок tooluniverse-metabolomics Скилл для метаболомных исследований: находит метаболиты в HMDB, тянет данные исследований из MetaboLights и Metabolomics Workbench, собирает отчёт. CX Codex +1 355установок tooluniverse-variant-interpretation Скилл ведёт вариант от сырого вызова до классификации по ACMG с рекомендациями. Нужен, когда надо разобрать значимость варианта или оценить некодирующую мутацию. CX Codex +1 351установок tooluniverse-polygenic-risk-score Собирает и объясняет полигенные оценки риска по данным GWAS: отбор вариантов, веса, проверка на независимой выборке и разбор результата. CX Codex +1 348установок tooluniverse-single-cell Скилл для анализа single-cell RNA-seq на scanpy и anndata: загрузка h5ad, QC-фильтрация, кластеризация, аннотация типов клеток. CX Codex +1 338установок

Спонсоры проекта

Компании, которые помогают держать аналитику открытой