# waypoint-bio

Скилл помогает готовить микробиомные данные для Waypoint, получать эмбеддинги и обучать или тестировать модели. Пригодится для работы с таксономическими профилями и бенчмарком Compass.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 806 установок · ★ 54652
- Автор: K-Dense-AI
- Лицензия: MIT · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/HEAD/skills/waypoint-bio/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-19
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/waypoint-bio

## Что делает

Скилл ведёт через CLI `waypoint`: он помогает подготовить данные, получить эмбеддинги образцов, дообучить чекпойнт Waypoint, проверить модель на Compass или начать предобучение GPT-2 на таксономических профилях. Он также описывает преобразование таблиц из MetaPhlAn, Kraken2, QIIME 2 и MGnify в формат Waypoint.

Для работы нужны Python 3.10+ и пакет `waypoint-bio`. Чтобы скачивать модели и наборы данных с Hugging Face, требуется доступ к соответствующим закрытым репозиториям и авторизация; обучение выигрывает от GPU. Локальное преобразование данных не требует доступа к сети. Обратите внимание: в описанной версии локальный `TaxonomicTokenizer.save_pretrained()` вызывает ошибку, которая блокирует экспорт при дообучении с этим токенизатором.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill waypoint-bio -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/waypoint-bio/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/waypoint-bio/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill waypoint-bio -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/waypoint-bio/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill waypoint-bio -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/waypoint-bio/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills waypoint-bio
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/waypoint-bio/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill waypoint-bio -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills --path skills/waypoint-bio
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/waypoint-bio/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill waypoint-bio -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/HEAD/skills/waypoint-bio/SKILL.md

## Когда брать
- преобразовать таблицу таксономических профилей в формат Waypoint
- получить эмбеддинги образцов микробиома
- дообучить чекпойнт на данных с метками
- оценить модель на задачах Compass
- предобучить GPT-2 на таксономических профилях

## Примеры запросов агенту
- Подготовь `abundance_matrix.tsv` и `sample_labels.csv` для Waypoint и сохрани результат в `dataset.parquet`.
- Получи эмбеддинги для образцов из `dataset.parquet` с помощью чекпойнта Waypoint.
- Проверь мою модель на Compass и опиши протокол оценки.

## Похожие
- [anysearch](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anysearch.md) — скилл · 38500 установок
- [academic-paper](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper.md) — скилл · 10800 установок
- [nature-figure](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-figure.md) — скилл · 18800 установок
- [academic-paper-reviewer](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper-reviewer.md) — скилл · 9800 установок
- [nature-polishing](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-polishing.md) — скилл · 17500 установок
- [nature-citation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-citation.md) — скилл · 15600 установок

Из того же набора: [k-dense-ai/scientific-agent-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/k-dense-ai/scientific-agent-skills.md) — 159 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md