# ucsc-conservation-and-tfbs

Тянет из UCSC Genome Browser оценки эволюционной консервации (phyloP, phastCons) и сайты связывания транскрипционных факторов. Нужен, когда разбираешь некодирующие варианты.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 2100 установок · ★ 3329
- Автор: google-deepmind
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · лицензия открытая, файл — в исходнике
- Исходник: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/ucsc_conservation_and_tfbs/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-23
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/ucsc-conservation-and-tfbs

## Что делает

Скилл даёт агенту доступ к оценкам эволюционного ограничения и консервативным элементам из UCSC Genome Browser. Считает он их не сам: берёт готовые треки пакета PHAST — `phastCons` для функциональных блоков и `phyloP` для ограничения на отдельном основании. По умолчанию используется сборка `hg38`, если не указать другую.

Внутри три скрипта: `scripts/get_conservation.py` для оценок консервации, `scripts/get_tfbs.py` для сайтов связывания и `scripts/list_tracks.py` для поиска доступных треков. Глубину филогении задаёт флаг `--collection` — `vertebrate` (100-vertebrate Multiz), `mammal` (Hiller 470-way) или `primate` (30-primate). Для ускоренной эволюции есть `--analyze`: он считает среднее, минимум и максимум по `phyloP` и отдаёт булево `is_accelerated`.

Перед первым запуском нужен `uv` на PATH. Ещё скилл требует уведомить пользователя об условиях UCSC и создать в корне рабочей папки файл `.licenses/ucsc_conservation_and_tfbs_LICENSE.txt` с текстом уведомления и меткой времени. Запросы идут только через обёртки-скрипты, они сами держат лимит обращений к базе. Вывод всегда перенаправляйте через `--output` в файл и разбирайте отдельно — иначе большой JSON прилетит прямо в контекст. Треки без года в имени (`jaspar`, `ReMap`) — это контейнеры, запрос к ним падает с ошибкой 400, поэтому берите конкретный подтрек вроде `jaspar2026`.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ucsc-conservation-and-tfbs -a claude-code
```
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ucsc_conservation_and_tfbs -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/ucsc_conservation_and_tfbs/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/ucsc_conservation_and_tfbs/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ucsc_conservation_and_tfbs -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/ucsc_conservation_and_tfbs/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ucsc_conservation_and_tfbs -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/ucsc_conservation_and_tfbs/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install google-deepmind/science-skills ucsc_conservation_and_tfbs
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/ucsc_conservation_and_tfbs/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ucsc_conservation_and_tfbs -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/google-deepmind/science-skills --path skills/ucsc_conservation_and_tfbs
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/ucsc_conservation_and_tfbs/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ucsc_conservation_and_tfbs -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/ucsc_conservation_and_tfbs/SKILL.md

## Когда брать
- проверить, попадает ли некодирующий вариант в консервативное основание
- найти пики консервации вдоль регуляторного элемента
- сравнить ограничение на локусе в разных линиях — приматы, млекопитающие, позвоночные
- оценить, ускоряется ли локус относительно нейтрального дрейфа
- найти сайты связывания факторов в интервале по трекам ENCODE, JASPAR или ReMap

## Примеры запросов агенту
- посчитай phyloP для chr1:215867804 и chr1:215867823, результат сохрани в файл
- найди консервативные элементы в chr8:11748914-11749085 по phastCons
- покажи сайты TP53 в chr6:36670000-36690000 по треку jaspar2024

## Похожие
- [gtars](https://affpapa.org/nevibecode/skills/gtars.md) — скилл · 1900 установок
- [alphagenome](https://affpapa.org/nevibecode/skills/alphagenome.md) — скилл · 466 установок
- [bioinformatics-fundamentals](https://affpapa.org/nevibecode/skills/bioinformatics-fundamentals.md) — скилл · 440 установок
- [tooluniverse-disease-research](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-disease-research.md) — скилл · 437 установок
- [tooluniverse-gwas-snp-interpretation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-gwas-snp-interpretation.md) — скилл · 373 установки
- [ukb-topmed-phewas-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ukb-topmed-phewas-skill.md) — скилл · 13 установок

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md