# Скиллы по теме «Наука и исследования» Скиллы по теме «Наука и исследования»: у каждой карточки — что делает, команда установки и примеры запросов. 676 карточек · страница 4 из 17 - HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/topic/science?page=4 - Инструкция для агента: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md - [paperzilla](https://affpapa.org/nevibecode/skills/paperzilla.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Скилл даёт агенту прямой доступ к проектам, рекомендациям и научным статьям в Paperzilla через CLI. - [zarr-python](https://affpapa.org/nevibecode/skills/zarr-python.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Помогает организовать хранение и выборку многомерных массивов в Zarr-Python 3. - [esm](https://affpapa.org/nevibecode/skills/esm.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Скилл для Python-SDK esm от Biohub: генерация белковых последовательностей в ESM3, эмбеддинги ESMC и предсказание структуры ESMFold2 — локально или через хостед-клиент. - [pyhealth](https://affpapa.org/nevibecode/skills/pyhealth.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Собирает и проверяет пайплайны PyHealth для клинических данных: EHR, сигналы, снимки, медицинские коды. - [torchdrug](https://affpapa.org/nevibecode/skills/torchdrug.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Помогает настроить пайплайны TorchDrug 0.2.1 для графов молекул и белков. - [pymatgen](https://affpapa.org/nevibecode/skills/pymatgen.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Анализирует и преобразует структуры материалов и расчётные данные через pymatgen. - [imaging-data-commons](https://affpapa.org/nevibecode/skills/imaging-data-commons.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Скилл для поиска и загрузки открытых данных медицинских изображений из репозитория NCI Imaging Data Commons. - [fluidsim](https://affpapa.org/nevibecode/skills/fluidsim.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Помогает настраивать, валидировать и перезапускать гидродинамические симуляции во FluidSim с проверкой сходимости и ресурсов перед запуском на HPC. - [molecular-dynamics](https://affpapa.org/nevibecode/skills/molecular-dynamics.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Собирает систему для молекулярной динамики в OpenMM, гоняет минимизацию и уравновешивание, а потом считает по траекториям RMSD, RMSF и карты контактов через MDAnalysis. - [pydeseq2](https://affpapa.org/nevibecode/skills/pydeseq2.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Скилл для дифференциального анализа экспрессии генов по данным RNA-seq. - [adaptyv](https://affpapa.org/nevibecode/skills/adaptyv.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Скилл помогает планировать эксперименты по характеризации белков через облачную лабораторию Adaptyv Bio Foundry, оценивать стоимость и забирать результаты тестов. - [arboreto](https://affpapa.org/nevibecode/skills/arboreto.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Считает кандидатные связи «регулятор — мишень» по данным экспрессии: GRNBoost2 на бустинге, GENIE3 на случайном лесу. - [vaex](https://affpapa.org/nevibecode/skills/vaex.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Скилл для работы с датасетами, которые не влезают в оперативную память. - [benchling-integration](https://affpapa.org/nevibecode/skills/benchling-integration.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Помогает автоматизировать работу с лабораторными данными в Benchling через Python SDK 1.25.0 и REST API v2. - [datamol](https://affpapa.org/nevibecode/skills/datamol.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Помогает агенту работать с молекулярными данными через datamol и RDKit: разбирать SMILES, считать дескрипторы, строить конформеры и кластеры. - [cellxgene-census](https://affpapa.org/nevibecode/skills/cellxgene-census.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Скилл для программного доступа к CZ CELLxGENE Census — гигантскому каталогу стандартизированных данных по одиночным клеткам. - [deepchem](https://affpapa.org/nevibecode/skills/deepchem.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Настраивает пайплайны хемоинформатики и предсказания свойств молекул в DeepChem 2.8.0. - [deeptools](https://affpapa.org/nevibecode/skills/deeptools.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Скилл для работы с данными секвенирования: конвертирует BAM в bigWig, считает QC и рисует профили вокруг TSS и пиков. - [pydicom](https://affpapa.org/nevibecode/skills/pydicom.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Скилл для работы с локальными наборами DICOM: проверяет заголовки, извлекает метаданные и готовит пиксельные массивы. - [astropy](https://affpapa.org/nevibecode/skills/astropy.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Помогает писать и отлаживать код анализа астрономических данных с Astropy. - [scanpy](https://affpapa.org/nevibecode/skills/scanpy.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Скилл с готовыми скриптами для полного цикла анализа single-cell RNA-seq: от контроля качества до маркерных генов и визуализации. - [rdkit](https://affpapa.org/nevibecode/skills/rdkit.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Скилл помогает агенту работать с библиотекой RDKit: разбирать структуры молекул, считать дескрипторы и строить 3D-конформации. - [clinical-decision-support](https://affpapa.org/nevibecode/skills/k-dense-ai-clinical-decision-support.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Готовит и проверяет исследовательские артефакты клинических решений: профили доказательств, когорты, выживаемость, деидентификацию. - [gget](https://affpapa.org/nevibecode/skills/gget.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Скилл для поиска биоинформатических данных и вызова геномных баз через gget. - [clinical-reports](https://affpapa.org/nevibecode/skills/k-dense-ai-clinical-reports.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Скилл собирает каркас черновика клинического отчёта и проверяет его локальными скриптами. - [anndata](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anndata.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Скилл для создания, чтения и преобразования аннотированных матриц данных в формате h5ad и Zarr. - [bioservices](https://affpapa.org/nevibecode/skills/bioservices.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Помогает запрашивать биоинформатические базы через библиотеку BioServices в Python. - [hypogenic](https://affpapa.org/nevibecode/skills/hypogenic.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Скилл для аудита и планирования использования HypoGeniC — инструмента генерации гипотез из размеченных текстовых датасетов с помощью LLM. - [what-if-oracle](https://affpapa.org/nevibecode/skills/what-if-oracle.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Разбирает исследовательский план по веткам «что если»: благоприятной, базовой, неблагоприятной и другим. - [simpy](https://affpapa.org/nevibecode/skills/simpy.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Помогает строить, тестировать и анализировать модели дискретно-событийного моделирования на Python с библиотекой SimPy. - [geomaster](https://affpapa.org/nevibecode/skills/geomaster.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Помогает вести геопространственные исследования: работать со спутниковыми снимками, векторными и растровыми данными, CRS и пространственной статистикой. - [pymoo](https://affpapa.org/nevibecode/skills/k-dense-ai-pymoo.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Скилл для работы с pymoo: подбор алгоритма, постановка задачи, ограничения и разбор фронта Парето. - [scikit-bio](https://affpapa.org/nevibecode/skills/scikit-bio.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Помогает анализировать биоинформатические данные: последовательности ДНК, РНК и белков, выравнивания и филогенетические деревья. - [geopandas](https://affpapa.org/nevibecode/skills/k-dense-ai-geopandas.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Помогает анализировать векторные геоданные в Python, проверять корректность геометрий и планировать перепроецирование через локальные аудиты. - [research-lookup](https://affpapa.org/nevibecode/skills/research-lookup.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 1900 установок — Собирает актуальные научные статьи и ссылки для рукописи или обзора, когда нужно 60+ проверенных источников. - [biopython](https://affpapa.org/nevibecode/skills/biopython.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 2000 установок — Скилл помогает автоматизировать задачи биоинформатики: разбирать файлы FASTA и PDB, выравнивать последовательности и запрашивать данные через NCBI Entrez. - [torch-geometric](https://affpapa.org/nevibecode/skills/torch-geometric.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 2000 установок — Помогает работать с графовыми нейросетями в PyTorch Geometric: готовить графы, выбирать слои и решать задачи классификации. - [venue-templates](https://affpapa.org/nevibecode/skills/venue-templates.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 2000 установок — Помогает готовить рукописи, тезисы конференций, постеры и гранты с актуальными требованиями площадок и встроенными LaTeX-шаблонами. - [open-notebook](https://affpapa.org/nevibecode/skills/open-notebook.md) — скилл · K-Dense-AI · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 2000 установок — Организует исследовательские блокноты с конспектами, поиском и вопросами к документам через локальные или облачные модели. - [sr-screener](https://affpapa.org/nevibecode/skills/sr-screener.md) — скилл · Imbad0202 · Claude Code, Codex, Cursor +3 · 469 установок — Скилл организует отбор научных публикаций по протоколу для систематических обзоров. Дальше: https://affpapa.org/nevibecode/skills/topic/science.md?page=5 ## Уточнить [research](https://affpapa.org/nevibecode/tag/research.md) · [python](https://affpapa.org/nevibecode/tag/python.md) · [bioinformatics](https://affpapa.org/nevibecode/tag/bioinformatics.md) · [genomics](https://affpapa.org/nevibecode/tag/genomics.md) · [latex](https://affpapa.org/nevibecode/tag/latex.md) · [citations](https://affpapa.org/nevibecode/tag/citations.md) · [arxiv](https://affpapa.org/nevibecode/tag/arxiv.md) · [pdf](https://affpapa.org/nevibecode/tag/pdf.md) · [api](https://affpapa.org/nevibecode/tag/api.md) · [machine-learning](https://affpapa.org/nevibecode/tag/machine-learning.md) · [markdown](https://affpapa.org/nevibecode/tag/markdown.md) · [pytorch](https://affpapa.org/nevibecode/tag/pytorch.md) ## Сузить этот список Параметры: `?platform=`, `&topic=<…>`, `&sort=installs|stars|new|updated` — значения в https://affpapa.org/nevibecode/agents.md --- NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md