# tooluniverse-systems-biology

Скилл для анализа биологических путей: обогащение по списку генов, связи белков с путями, поиск моделей SBML. Пригодится, когда есть список генов из RNA-seq или протеомики.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 433 установки · ★ 1759
- Автор: mims-harvard
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-systems-biology/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-systems-biology

## Что делает

Скилл собирает данные из Reactome, KEGG, WikiPathways, Pathway Commons, BioModels, Enrichr, BiGG Models и Rhea. Работает в четыре фазы: обогащение списка генов, привязка белка к путям по UniProt, поиск путей по ключевому слову и вывод верхнеуровневого каталога путей для организма. На вход идёт список символов генов или UniProt-акцессия, на выходе — пути с идентификаторами, скорректированными p-value и пересекающимися генами.

Скилл не описывает анализ, а выполняет его: считает статистику и строит графики через Python с pandas, scipy, statsmodels и matplotlib, вызывая инструменты ToolUniverse для получения данных. Внутри заложено требование сверять ключевые находки минимум по двум источникам, потому что базы расходятся в составе путей. Обогащение не равно причинности: путь с тремя генами из двухсот аннотированных менее информативен, чем путь, где в списке 15 из 40 участников.

У скилла стоит `disable-model-invocation: true`, поэтому сам он не запустится по описанию — вызывайте его явно. Для расчётной части нужен Python с pandas, scipy, statsmodels и matplotlib. BioModels часто возвращает пустой результат, это нормально.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-systems-biology -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/tooluniverse-systems-biology/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/tooluniverse-systems-biology/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-systems-biology -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/tooluniverse-systems-biology/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-systems-biology -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/tooluniverse-systems-biology/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install mims-harvard/ToolUniverse tooluniverse-systems-biology
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/tooluniverse-systems-biology/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-systems-biology -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse --path skills/tooluniverse-systems-biology
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/tooluniverse-systems-biology/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-systems-biology -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-systems-biology/SKILL.md

## Когда брать
- найти обогащённые пути по списку дифференциально экспрессированных генов
- узнать, в каких путях участвует белок с известным UniProt ID
- сопоставить аннотации путей из Reactome и KEGG между собой
- подобрать SBML-модель по биологическому процессу
- связать гены с процессами и заболеваниями на системном уровне

## Примеры запросов агенту
- Проанализируй пути для этого списка генов и покажи топ-20 с p-value
- В каких путях Reactome участвует P53350?
- Найди пути по ключевому слову «insulin signaling» во всех базах

## Похожие
- [reactome-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/reactome-database.md) — скилл · 2200 установок
- [bioservices](https://affpapa.org/nevibecode/skills/bioservices.md) — скилл · 1900 установок
- [reactome-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/reactome-skill.md) — скилл · 14 установок
- [target-prioritization](https://affpapa.org/nevibecode/skills/target-prioritization.md) — скилл · 2900 установок
- [pubmed-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/google-deepmind-pubmed-database.md) — скилл · 2700 установок
- [gtars](https://affpapa.org/nevibecode/skills/gtars.md) — скилл · 1900 установок

Из того же набора: [mims-harvard/tooluniverse](https://affpapa.org/nevibecode/by/mims-harvard/tooluniverse.md) — 55 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md