# tooluniverse-spatial-omics-analysis

Скилл для анализа пространственной омики: связывает списки генов SVGs и контекст ткани с базами данных, путями и терапевтическими мишенями.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 360 установок · ★ 1759
- Автор: mims-harvard
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-spatial-omics-analysis/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-spatial-omics-analysis

## Что делает

Скилл разбирает данные пространственной транскриптомики с платформ Visium или MERFISH. Он принимает список пространственно-вариабельных генов (SVGs) и тип ткани, после чего пошагово строит отчёт по доменам ткани. Агент запрашивает базы через инструменты ToolUniverse вроде OpenTargets и STRING, а статистику считает кодом на Python через Bash с пакетами pandas и scipy.

Пайплайн делит доказательства по уровням: от клинических данных T1 до вычислительных предсказаний T4. Анализ привязан к структуре ткани. Инструмент не годится для интерпретации отдельных генов, полногеномных ассоциаций (GWAS) или обычного балк-секвенирования RNA-seq.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-spatial-omics-analysis -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/tooluniverse-spatial-omics-analysis/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/tooluniverse-spatial-omics-analysis/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-spatial-omics-analysis -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/tooluniverse-spatial-omics-analysis/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-spatial-omics-analysis -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/tooluniverse-spatial-omics-analysis/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install mims-harvard/ToolUniverse tooluniverse-spatial-omics-analysis
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/tooluniverse-spatial-omics-analysis/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-spatial-omics-analysis -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse --path skills/tooluniverse-spatial-omics-analysis
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/tooluniverse-spatial-omics-analysis/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-spatial-omics-analysis -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-spatial-omics-analysis/SKILL.md

## Когда брать
- Найти обогащённые сигнальные пути по регионам ткани
- Определить межклеточные взаимодействия и пары лиганд-рецептор
- Подобрать терапевтические мишени под домены опухоли
- Интегрировать данные транскриптомики с белками и метаболитами

## Примеры запросов агенту
- Проанализируй эти SVGs для ткани liver: EGFR, CDH1, VIM, MYC, CD3E
- Оцени маркеры доменов опухоли {'Tumor core': ['MYC', 'EGFR']} для breast cancer
- Найди терапевтические мишени и пары лиганд-рецептор для данных Visium

## Похожие
- [cellxgene-census](https://affpapa.org/nevibecode/skills/cellxgene-census.md) — скилл · 1900 установок
- [ensembl-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ensembl-database.md) — скилл · 2200 установок
- [dbsnp-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/dbsnp-database.md) — скилл · 2200 установок
- [bioinformatics-fundamentals](https://affpapa.org/nevibecode/skills/bioinformatics-fundamentals.md) — скилл · 440 установок
- [ukb-topmed-phewas-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ukb-topmed-phewas-skill.md) — скилл · 13 установок
- [exploratory-data-analysis](https://affpapa.org/nevibecode/skills/exploratory-data-analysis.md) — скилл · 279 установок

Из того же набора: [mims-harvard/tooluniverse](https://affpapa.org/nevibecode/by/mims-harvard/tooluniverse.md) — 55 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md