# tooluniverse-protein-therapeutic-design

Скилл ведёт de novo дизайн терапевтических белков через RFdiffusion и ProteinMPNN. Помогает строить остовы, подбирать аминокислотные последовательности и валидировать структуры.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 398 установок · ★ 1759
- Автор: mims-harvard
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-protein-therapeutic-design/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-protein-therapeutic-design

## Что делает

Скилл структурирует вычислительный пайплайн из 6 последовательных фаз. Сначала агент ищет мишень в PDB. Затем инструмент RFdiffusion генерирует от 5 белковых каркасов под целевой эпитоп.

Далее модуль ProteinMPNN подбирает от 8 последовательностей на каждый остов. Сворачивание оценивают по метрикам pLDDT и pTM. Скрипты на Python запускают расчёты через библиотеки pandas и scipy прямо в терминале.

Для вызова сервисов NVIDIA NIM потребуется ключ в переменной `NVIDIA_API_KEY`. Сеть держит лимит 40 RPM с паузой минимум 1.5 секунды между вызовами. Итоговые кандидаты попадают в отчёт Markdown вместе с файлами FASTA и CSV.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-protein-therapeutic-design -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/tooluniverse-protein-therapeutic-design/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/tooluniverse-protein-therapeutic-design/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-protein-therapeutic-design -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/tooluniverse-protein-therapeutic-design/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-protein-therapeutic-design -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/tooluniverse-protein-therapeutic-design/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install mims-harvard/ToolUniverse tooluniverse-protein-therapeutic-design
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/tooluniverse-protein-therapeutic-design/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-protein-therapeutic-design -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse --path skills/tooluniverse-protein-therapeutic-design
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/tooluniverse-protein-therapeutic-design/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-protein-therapeutic-design -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-protein-therapeutic-design/SKILL.md

## Когда брать
- Сгенерировать от 5 белковых каркасов под эпитоп с помощью RFdiffusion
- Подобрать от 8 последовательностей на каркас через ProteinMPNN
- Оценить качество укладки мономера метриками pLDDT и pTM в ESMFold
- Выгрузить отобранные белковые кандидаты в файлы FASTA и CSV

## Примеры запросов агенту
- Спроектируй белковый байндер для мишени из PDB 7ABC через RFdiffusion и ProteinMPNN
- Сгенерируй 5 вариантов остова и оптимизируй последовательности с расчётом pLDDT
- Проанализируй связывание эпитопа и подготовь отчёт TARGET_protein_design_report.md

## Похожие
- [alphafold-database-fetch-and-analyze](https://affpapa.org/nevibecode/skills/alphafold-database-fetch-and-analyze.md) — скилл · 2200 установок
- [alphafold-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/alphafold-skill.md) — скилл · 14 установок
- [tamarind](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tamarind.md) — скилл · 1100 установок
- [boltz-protein-screen](https://affpapa.org/nevibecode/skills/boltz-protein-screen.md) — скилл · ★ 7596
- [human-protein-atlas-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/human-protein-atlas-database.md) — скилл · 2200 установок
- [target-prioritization](https://affpapa.org/nevibecode/skills/target-prioritization.md) — скилл · 2900 установок

Из того же набора: [mims-harvard/tooluniverse](https://affpapa.org/nevibecode/by/mims-harvard/tooluniverse.md) — 56 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md