# tooluniverse-protein-structure-retrieval

Скилл для поиска и оценки качества белковых структур в базах RCSB PDB, PDBe, AlphaFold и SWISS-MODEL. Находит экспериментальные и предсказанные модели для драг-дизайна.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 433 установки · ★ 1759
- Автор: mims-harvard
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-protein-structure-retrieval/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-protein-structure-retrieval

## Что делает

Скилл ищет пространственные структуры белков сразу по нескольким источникам: RCSB PDB, PDBe, AlphaFold DB, SWISS-MODEL, 3D-Beacons и PDB-REDO. Агент не угадывает идентификаторы PDB или разрешение, а проверяет наличие моделей через запросы к API. При поиске он разделяет высокоточные рентгеноструктурные данные (с разрешением лучше 2 Å), криоэлектронную микроскопию и предсказания нейросетей.

Пайплайн включает разрешение неоднозначностей по названию или коду UniProt, тихий сбор данных и отчёт с метриками качества (разрешение, R-фактор, pLDDT и покрытие). Для агрегированной сводки первым шагом вызывается `ThreeDBeacons_get_structure_summary`. Если нужна пакетная проверка, `SwissModel_get_models_batch` принимает до 250 идентификаторов за один вызов.

Учитывайте ограничения метрик в SWISS-MODEL. Поля `qmean_global` и `qmean_z_score` там часто возвращают `null`, поэтому качество приходится оценивать по шаблону и покрытию последовательности. Также лучшей моделью в ответе SWISS-MODEL может оказаться переиндексированная экспериментальная структура.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-protein-structure-retrieval -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/tooluniverse-protein-structure-retrieval/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/tooluniverse-protein-structure-retrieval/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-protein-structure-retrieval -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/tooluniverse-protein-structure-retrieval/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-protein-structure-retrieval -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/tooluniverse-protein-structure-retrieval/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install mims-harvard/ToolUniverse tooluniverse-protein-structure-retrieval
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/tooluniverse-protein-structure-retrieval/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-protein-structure-retrieval -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse --path skills/tooluniverse-protein-structure-retrieval
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/tooluniverse-protein-structure-retrieval/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-protein-structure-retrieval -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-protein-structure-retrieval/SKILL.md

## Когда брать
- Собрать структуры белка из баз RCSB PDB, PDBe, AlphaFold и SWISS-MODEL
- Проверить разрешение и метрику pLDDT перед драг-дизайном
- Найти сайты связывания лигандов по идентификатору UniProt
- Выполнить пакетную проверку доступности моделей для списка генов

## Примеры запросов агенту
- Найди структуру EGFR в базе RCSB PDB и сравни её с моделью AlphaFold
- Проверь доступность белковых структур для UniProt P00533 через 3D-Beacons
- Загрузи координаты PDB для инсулина 4INS и покажи лиганды

## Похожие
- [pdb-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/pdb-database.md) — скилл · 2200 установок
- [alphafold-database-fetch-and-analyze](https://affpapa.org/nevibecode/skills/alphafold-database-fetch-and-analyze.md) — скилл · 2200 установок
- [alphafold-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/alphafold-skill.md) — скилл · 14 установок
- [tamarind](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tamarind.md) — скилл · 1100 установок
- [boltz-protein-screen](https://affpapa.org/nevibecode/skills/boltz-protein-screen.md) — скилл · ★ 7596
- [adaptyv](https://affpapa.org/nevibecode/skills/adaptyv.md) — скилл · 1900 установок

Из того же набора: [mims-harvard/tooluniverse](https://affpapa.org/nevibecode/by/mims-harvard/tooluniverse.md) — 55 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md