# tooluniverse-precision-medicine-stratification

Разбивает пациентов на группы по ответу на лечение, риску и решению о терапии. Пригодится, когда есть геномные и клинические данные и нужно понять, кому что назначать.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 375 установок · ★ 1759
- Автор: mims-harvard
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · лицензия открытая, файл — в исходнике
- Исходник: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-precision-medicine-stratification/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-precision-medicine-stratification

## Что делает

Скилл ведёт анализ по девяти фазам: от приведения диагноза к идентификатору EFO до интегральной оценки и рекомендаций. На входе — название болезни и хотя бы один источник геномных данных: герминальные варианты, соматические мутации, список генов или клинические биомаркеры. Возраст, пол, стадия и текущие препараты улучшают результат, но не обязательны.

Маршрут зависит от типа болезни. Рак, метаболические, сердечно-сосудистые, неврологические, редкие и аутоиммунные заболевания расходятся по своим путям уже на третьей фазе, поэтому скилл советует определить категорию до запуска инструментов. Каждое утверждение получает уровень доказательности от T1 до T4, а итог сводится к шкале риска от 0 до 100.

Внутри — обращение к ClinVar, OpenTargets, gnomAD, cBioPortal, PharmGKB и CPIC, плюс расчёты на Python через Bash: pandas, scipy, statsmodels, matplotlib. Рядом лежат справочники `TOOLS_REFERENCE.md`, `SCORING_REFERENCE.md`, `REPORT_TEMPLATE.md` и `EXAMPLES.md` с разобранными случаями. Есть подводные камни: у `MyGene_query_genes` параметр называется `query`, у `EnsemblVEP_annotate_rsid` — `variant_id`, а `ensembl_lookup_gene` требует `species='homo_sapiens'`. gnomAD иногда отвечает перегрузкой сервиса, и это стоит пережить без падения всего прогона.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-precision-medicine-stratification -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/tooluniverse-precision-medicine-stratification/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/tooluniverse-precision-medicine-stratification/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-precision-medicine-stratification -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/tooluniverse-precision-medicine-stratification/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-precision-medicine-stratification -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/tooluniverse-precision-medicine-stratification/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install mims-harvard/ToolUniverse tooluniverse-precision-medicine-stratification
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/tooluniverse-precision-medicine-stratification/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-precision-medicine-stratification -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse --path skills/tooluniverse-precision-medicine-stratification
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/tooluniverse-precision-medicine-stratification/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-precision-medicine-stratification -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-precision-medicine-stratification/SKILL.md

## Когда брать
- разделить когорту на отвечающих и не отвечающих на препарат
- собрать отчёт по терапевтической стратегии для подгруппы пациентов
- оценить патогенность герминального варианта по ClinVar и VEP
- подобрать лечение с учётом фармакогеномики по PharmGKB и CPIC
- проверить, тянет ли пациент критерии клинического исследования

## Примеры запросов агенту
- Стратифицируй пациентов с немелкоклеточным раком лёгкого по статусу EGFR и предложи варианты терапии
- Разбей эту когорту на группы риска по герминальным вариантам и клиническим признакам
- Собери отчёт: какие пациенты из списка вероятнее ответят на ингибиторы контрольных точек

## Похожие
- [opentargets-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/opentargets-database.md) — скилл · 2200 установок
- [ensembl-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ensembl-database.md) — скилл · 2200 установок
- [gtars](https://affpapa.org/nevibecode/skills/gtars.md) — скилл · 1900 установок
- [geniml](https://affpapa.org/nevibecode/skills/geniml.md) — скилл · 1900 установок
- [bioinformatics-fundamentals](https://affpapa.org/nevibecode/skills/bioinformatics-fundamentals.md) — скилл · 440 установок

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md