# tooluniverse-network-pharmacology

Строит и разбирает сети «соединение-мишень-болезнь»: ищет варианты перепрофилирования лекарств и объясняет механизм через сетевые метрики.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 429 установок · ★ 1759
- Автор: mims-harvard
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · лицензия открытая, файл — в исходнике
- Исходник: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-network-pharmacology/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-network-pharmacology

## Что делает

Скилл собирает сеть из трёх типов узлов: соединение, мишень, болезнь. Данные тянет из STRING, BioGRID, ChEMBL, DGIdb, OMIM и OpenTargets, а расчёты ведёт кодом на Python через Bash — pandas, scipy, statsmodels, matplotlib. Описаниями «что я бы сделал» дело не ограничивается: скилл выполняет вычисления и показывает результат.

Перед построением сети он просит разобраться, с чем вы имеете дело. Много мишеней у препарата — это либо нужная полифармакология, либо лишняя неселективность, и разница в том, помогают ли дополнительные мишени или вредят. Сетевую близость считают через Z-score: Z < -2 при p < 0.01 — сигнал, Z около нуля означает, что мишени с модулем болезни почти не связаны. Кандидатов ранжируют по шкале от 0 до 100, где 35 баллов даёт сетевая близость, 25 — клинические данные, 20 — связь мишени с болезнью, 10 — безопасность и 10 — правдоподобность механизма.

У скилла `disable-model-invocation: true`, поэтому сам он не запустится — вызывать нужно явно. Идентификаторы (ChEMBL, DrugBank, PubChem CID, Ensembl, MONDO/EFO) скилл советует разрешать до анализа: без этого узлы сети не сойдутся. Запросы к инструментам идут на английском, даже если вы пишете по-русски.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-network-pharmacology -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/tooluniverse-network-pharmacology/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/tooluniverse-network-pharmacology/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-network-pharmacology -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/tooluniverse-network-pharmacology/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-network-pharmacology -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/tooluniverse-network-pharmacology/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install mims-harvard/ToolUniverse tooluniverse-network-pharmacology
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/tooluniverse-network-pharmacology/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-network-pharmacology -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse --path skills/tooluniverse-network-pharmacology
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/tooluniverse-network-pharmacology/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-network-pharmacology -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-network-pharmacology/SKILL.md

## Когда брать
- построить сеть «соединение-мишень-болезнь» и посчитать сетевую близость
- отличить нужную полифармакологию от нежелательной неселективности
- ранжировать кандидатов на перепрофилирование по композитной шкале
- предсказать механизм действия препарата в новом показании
- найти hub-гены в сети болезни как терапевтические мишени

## Примеры запросов агенту
- Можно ли перепрофилировать метформин для болезни Альцгеймера по сетевому анализу?
- Построй сеть «соединение-мишень-болезнь» для иматиниба и посчитай Z-score
- Разбери полифармакологию этого ингибитора киназ: какие мишени дают эффект, а какие токсичность

## Похожие
- [opentargets-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/opentargets-database.md) — скилл · 2200 установок
- [chembl-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/chembl-database.md) — скилл · 2200 установок
- [bioservices](https://affpapa.org/nevibecode/skills/bioservices.md) — скилл · 1900 установок
- [database-lookup](https://affpapa.org/nevibecode/skills/database-lookup.md) — скилл · 2100 установок
- [target-prioritization](https://affpapa.org/nevibecode/skills/target-prioritization.md) — скилл · 2900 установок
- [exploratory-data-analysis](https://affpapa.org/nevibecode/skills/exploratory-data-analysis.md) — скилл · 279 установок

Из того же набора: [mims-harvard/tooluniverse](https://affpapa.org/nevibecode/by/mims-harvard/tooluniverse.md) — 55 карточек

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md