# tooluniverse-multiomic-disease-characterization

Скилл собирает отчёт о болезни по геномике, транскриптомике, протеомике и путям, ищет биомаркеры и мишени для терапии.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 358 установок · ★ 1759
- Автор: mims-harvard
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · лицензия открытая, файл — в исходнике
- Исходник: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-multiomic-disease-characterization/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-multiomic-disease-characterization

## Что делает

Скилл ведёт анализ болезни по 9 фазам. Сначала разрешает идентификаторы MONDO или EFO, потом идёт по слоям: геномные варианты и ассоциации GWAS, дифференциальная экспрессия, белок-белковые взаимодействия, обогащение путей, аннотации Gene Ontology, лекарственный ландшафт. На каждом шаге данные берутся из баз через инструменты ToolUniverse, а не из памяти модели.

Внутри есть жёсткие правила. Отчёт создаётся файлом сразу, а потом наполняется. Всё доказательство получает оценку от T1 (человек, клиника) до T4 (вычисления), а уверенность сводится в балл от 0 до 100. Гены, которые всплывают в нескольких слоях, помечаются отдельно — совпадение слоёв усиливает вывод, расхождение показывает регуляторную сложность.

Для расчётов скилл пишет и запускает Python через Bash: pandas, scipy, statsmodels, matplotlib. Поэтому окружение должно уметь выполнять код, а не только читать текст. Есть и подводные камни в вызовах: идентификаторы болезней пишутся с подчёркиванием (`MONDO_0004975`), а не с двоеточием, а для запросов по лекарствам нужны EFO-идентификаторы — с MONDO они могут вернуть пустой результат. Скилл не для одиночной проверки гена или интерпретации варианта: для этого в наборе есть отдельные скиллы.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-multiomic-disease-characterization -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/tooluniverse-multiomic-disease-characterization/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/tooluniverse-multiomic-disease-characterization/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-multiomic-disease-characterization -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/tooluniverse-multiomic-disease-characterization/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-multiomic-disease-characterization -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/tooluniverse-multiomic-disease-characterization/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install mims-harvard/ToolUniverse tooluniverse-multiomic-disease-characterization
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/tooluniverse-multiomic-disease-characterization/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-multiomic-disease-characterization -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse --path skills/tooluniverse-multiomic-disease-characterization
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/tooluniverse-multiomic-disease-characterization/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-multiomic-disease-characterization -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-multiomic-disease-characterization/SKILL.md

## Когда брать
- собрать отчёт о болезни сразу по нескольким молекулярным слоям
- найти гены, которые подтверждаются и геномикой, и экспрессией
- отобрать мишени с лекарственным потенциалом
- выделить диагностические и прогностические биомаркеры
- проверить, какие пути обогащены у списка генов

## Примеры запросов агенту
- Охарактеризуй болезнь Альцгеймера по всем омикс-слоям, ткань — brain
- Сделай разбор MONDO_0004975: геномика, транскриптомика, пути
- Найди биомаркеры и дружественные для лекарств мишени для болезни Крона

## Похожие
- [gtars](https://affpapa.org/nevibecode/skills/gtars.md) — скилл · 1900 установок
- [target-prioritization](https://affpapa.org/nevibecode/skills/target-prioritization.md) — скилл · 2900 установок
- [ensembl-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ensembl-database.md) — скилл · 2200 установок
- [chembl-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/chembl-database.md) — скилл · 2200 установок
- [etetoolkit](https://affpapa.org/nevibecode/skills/etetoolkit.md) — скилл · 1900 установок
- [exploratory-data-analysis](https://affpapa.org/nevibecode/skills/exploratory-data-analysis.md) — скилл · 279 установок

Из того же набора: [mims-harvard/tooluniverse](https://affpapa.org/nevibecode/by/mims-harvard/tooluniverse.md) — 55 карточек

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md