# tooluniverse-multi-omics-integration

Скилл сводит несколько омикс-слоёв в один анализ: сопоставляет образцы, считает кросс-корреляции, кластеризует пациентов и собирает отчёт.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 398 установок · ★ 1759
- Автор: mims-harvard
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · лицензия открытая, файл — в исходнике
- Исходник: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-multi-omics-integration/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-multi-omics-integration

## Что делает

Скилл ведёт анализ по фазам: загрузка и QC каждого слоя, сопоставление образцов, приведение признаков к общим идентификаторам генов, кросс-корреляции, кластеризация, интеграция на уровне путей и поиск биомаркеров. Поддерживаются транскриптомика, протеомика, метилирование, CNV/SNV и метаболомика — форматы от CSV и h5ad до MaxQuant, DIA-NN, IDAT и VCF.

Внутри — оркестрация других скиллов ToolUniverse: `tooluniverse-rnaseq-deseq2`, `tooluniverse-epigenomics`, `tooluniverse-variant-analysis`, `tooluniverse-gene-enrichment` и прочих. Для кластеризации предлагаются MOFA+, joint NMF и SNF. Обогащение путей скилл советует считать на реальных списках генов, а не по памяти, и то же касается eQTL-связей и направления метилирование-экспрессия.

Есть порог входа по данным: минимум два омикс-набора и хотя бы 10 общих образцов, для интеграции рекомендуется n >= 20. Если не все образцы имеют все слои, скилл предлагает попарную интеграцию. Разные платформы требуют аккуратной нормализации из-за батч-эффектов.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-multi-omics-integration -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/tooluniverse-multi-omics-integration/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/tooluniverse-multi-omics-integration/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-multi-omics-integration -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/tooluniverse-multi-omics-integration/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-multi-omics-integration -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/tooluniverse-multi-omics-integration/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install mims-harvard/ToolUniverse tooluniverse-multi-omics-integration
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/tooluniverse-multi-omics-integration/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-multi-omics-integration -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse --path skills/tooluniverse-multi-omics-integration
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/tooluniverse-multi-omics-integration/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-multi-omics-integration -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-multi-omics-integration/SKILL.md

## Когда брать
- сопоставить образцы между RNA-seq и протеомикой по общим идентификаторам
- посчитать корреляцию экспрессии и обилия белка по каждому гену
- найти подтипы пациентов через MOFA+, NMF или SNF
- собрать доказательства по пути из нескольких омикс-слоёв в один скор
- отобрать кросс-омикс признаки для биомаркера

## Примеры запросов агенту
- У меня есть RNA-seq и протеомика по одним и тем же образцам — сопоставь их и посчитай корреляции.
- Сделай кластеризацию пациентов по метилированию и экспрессии, покажи общие и слой-специфичные факторы.
- Собери отчёт: корреляции, кластеры, обогащённые пути и кандидаты в биомаркеры.

## Похожие
- [latchbio-integration](https://affpapa.org/nevibecode/skills/latchbio-integration.md) — скилл · 1900 установок
- [pubmed-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/google-deepmind-pubmed-database.md) — скилл · 2700 установок
- [opentargets-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/opentargets-database.md) — скилл · 2200 установок
- [pathway-enrichment](https://affpapa.org/nevibecode/skills/pathway-enrichment.md) — скилл · 1400 установок
- [bioinformatics-fundamentals](https://affpapa.org/nevibecode/skills/bioinformatics-fundamentals.md) — скилл · 440 установок
- [exploratory-data-analysis](https://affpapa.org/nevibecode/skills/exploratory-data-analysis.md) — скилл · 279 установок

Из того же набора: [mims-harvard/tooluniverse](https://affpapa.org/nevibecode/by/mims-harvard/tooluniverse.md) — 55 карточек

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md