# tooluniverse-metabolomics

Скилл для метаболомных исследований: находит метаболиты в HMDB, тянет данные исследований из MetaboLights и Metabolomics Workbench, собирает отчёт.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 355 установок · ★ 1759
- Автор: mims-harvard
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-metabolomics/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-metabolomics

## Что делает

Скилл прогоняет запрос через четыре фазы. Сначала ищет каждый метаболит из списка в HMDB, достаёт ID, формулу, молекулярную массу и пути. Потом по идентификатору исследования (`MTBLS1`, `ST000001`) вытягивает метаданные: название, организм, статус, доступность данных. Дальше ищет исследования по ключевому слову в MetaboLights. Последняя фаза всегда добавляет обзор баз и свежие исследования.

Внутри — работа с HMDB, MetaboLights, Metabolomics Workbench, FooDB и PubChem. FooDB вызывается через `FooDB_get_compound` с параметром `fdb_id`, например `"FDB000004"`, и даёт структуру плюс кросс-ссылки на HMDB, KEGG, PubChem и ChEBI. Если HMDB не отвечает, скилл падает на PubChem за CID и химическими свойствами. Инструменты HMDB работают по SOAP, поэтому `HMDB_search` требует `operation="search"`, а `HMDB_get_metabolite` — `operation="get_metabolite"`; параметры `endpoint` и `method` тут не подходят.

Отчёт пишется постепенно: файл создаётся в начале, секции дописываются по мере прохождения фаз. Для длинных списков это спасает от нехватки памяти. Организм по умолчанию — `"Homo sapiens"`, имя выходного файла генерируется по времени. Если нужен свой путь, задайте `output_file`.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-metabolomics -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/tooluniverse-metabolomics/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/tooluniverse-metabolomics/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-metabolomics -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/tooluniverse-metabolomics/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-metabolomics -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/tooluniverse-metabolomics/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install mims-harvard/ToolUniverse tooluniverse-metabolomics
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/tooluniverse-metabolomics/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-metabolomics -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse --path skills/tooluniverse-metabolomics
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/tooluniverse-metabolomics/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-metabolomics -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-metabolomics/SKILL.md

## Когда брать
- найти HMDB ID и пути для списка метаболитов
- вытащить метаданные исследования по ID из MetaboLights
- подобрать метаболомные исследования по болезни или методу
- связать пищевое соединение из FooDB с HMDB, KEGG и PubChem
- собрать структурированный отчёт по метаболомике в markdown

## Примеры запросов агенту
- Найди HMDB ID и информацию о путях для глюкозы
- Дай детали исследования MTBLS1
- Найди метаболомные исследования по диабету

## Похожие
- [pyopenms](https://affpapa.org/nevibecode/skills/pyopenms.md) — скилл · 1900 установок
- [matchms](https://affpapa.org/nevibecode/skills/matchms.md) — скилл · 1900 установок
- [hmdb-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/hmdb-skill.md) — скилл · 13 установок
- [pubmed-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/google-deepmind-pubmed-database.md) — скилл · 2700 установок
- [ensembl-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ensembl-database.md) — скилл · 2200 установок
- [bioinformatics-fundamentals](https://affpapa.org/nevibecode/skills/bioinformatics-fundamentals.md) — скилл · 440 установок

Из того же набора: [mims-harvard/tooluniverse](https://affpapa.org/nevibecode/by/mims-harvard/tooluniverse.md) — 55 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md