# tooluniverse-infectious-disease

Скилл анализирует новые патогены и ищет препараты для перепрофилирования через базы NCBI и ChEMBL. Помогает оперативно исследовать терапевтические мишени при вспышках инфекций.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 381 установка · ★ 1759
- Автор: mims-harvard
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-infectious-disease/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-infectious-disease

## Что делает

Скилл запускает рабочий процесс для анализа возбудителей инфекций. Сначала модель определяет таксономию через NCBI или BV-BRC, после чего находит ключевые консервативные белки в UniProt. Для оценки пригодности мишеней и поиска молекул используются ChEMBL и проверка молекулярного докинга.

Вместо рассуждений скилл выполняет прямые вычисления в Bash. Для расчёта показателей и статистики запускается код на Python с библиотеками pandas и scipy. Все результаты сразу записываются в файл отчёта о вспышке и отдельные таблицы CSV со списком белков и отобранных лекарств.

Инструмент требует строгой формулировки поисковых параметров на английском языке, иначе запросы к внешним базам биологических данных вернут пустой результат.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-infectious-disease -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/tooluniverse-infectious-disease/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/tooluniverse-infectious-disease/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-infectious-disease -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/tooluniverse-infectious-disease/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-infectious-disease -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/tooluniverse-infectious-disease/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install mims-harvard/ToolUniverse tooluniverse-infectious-disease
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/tooluniverse-infectious-disease/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-infectious-disease -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse --path skills/tooluniverse-infectious-disease
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/tooluniverse-infectious-disease/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-infectious-disease -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-infectious-disease/SKILL.md

## Когда брать
- классифицировать геном нового патогена через NCBI Taxonomy
- найти консервативные белковые мишени возбудителя в UniProt
- отобрать одобренные препараты для перепрофилирования через ChEMBL
- сформировать отчёт по вспышке инфекции с ранжированием кандидатов в CSV

## Примеры запросов агенту
- Обнаружен новый вирус: какие одобренные препараты могут подойти против него?
- Найди ключевые белковые мишени возбудителя для разработки лекарств
- Подбери кандидатов для перепрофилирования лекарств против этого патогена

## Похожие
- [bioservices](https://affpapa.org/nevibecode/skills/bioservices.md) — скилл · 1900 установок
- [uniprot-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/uniprot-database.md) — скилл · 2200 установок
- [database-lookup](https://affpapa.org/nevibecode/skills/database-lookup.md) — скилл · 2100 установок
- [chembl-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/chembl-database.md) — скилл · 2200 установок
- [ukb-topmed-phewas-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ukb-topmed-phewas-skill.md) — скилл · 13 установок
- [alphafold-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/alphafold-skill.md) — скилл · 14 установок

Из того же набора: [mims-harvard/tooluniverse](https://affpapa.org/nevibecode/by/mims-harvard/tooluniverse.md) — 55 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md