# tooluniverse-immune-repertoire-analysis

Разбирает данные секвенирования TCR и BCR: клонотипы, разнообразие, клональность, поиск специфичности к эпитопам. Нужен при мониторинге иммунного ответа.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 358 установок · ★ 1759
- Автор: mims-harvard
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · лицензия открытая, файл — в исходнике
- Исходник: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-immune-repertoire-analysis/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-immune-repertoire-analysis

## Что делает

Скилл ведёт анализ репертуара адаптивных рецепторов по восьми фазам. Сначала данные из MiXCR, ImmunoSEQ, AIRR или 10x Genomics VDJ приводятся к единым колонкам (`cloneId`, `count`, `frequency`, `cdr3aa`, `cdr3nt`, `v_gene`, `j_gene`, `chain`), затем клонотипы определяются по одному из трёх способов: только по аминокислотной последовательности CDR3, по нуклеотидной или по связке V-ген + J-ген + CDR3aa. Дальше считаются Shannon entropy, Simpson, Gini, клональность и число клонотипов, строятся кривые разрежения.

Отдельные фазы — использование V(D)J-генов, распределение длин CDR3, поиск разросшихся клонов выше порога (по умолчанию 95-й процентиль), конвергентная рекомбинация и публичные клонотипы. Специфичность к антигену ищется не догадками: скилл обращается к IEDB (`iedb_search_tcell_assays`, `iedb_search_epitopes`), BVBRC (`BVBRC_search_epitopes`) и VDJdb (`VDJDB_search_cdr3`, `VDJDB_get_antigen_specificity`). Есть и связка с single-cell: клонотипы привязываются к баркодам клеток, а разросшиеся клоны накладываются на UMAP.

Важная оговорка зашита в сам скилл: метрики разнообразия сравниваются с референсными распределениями здоровых доноров. Shannon entropy 7 для здорового взрослого — обычное дело, а после химиотерапии это тревожный сигнал. Если референса под рукой нет, выводы делать рано. Установка идёт через `npx skills add`, для GitHub Copilot — через `gh skill install`.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-immune-repertoire-analysis -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/tooluniverse-immune-repertoire-analysis/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/tooluniverse-immune-repertoire-analysis/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-immune-repertoire-analysis -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/tooluniverse-immune-repertoire-analysis/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-immune-repertoire-analysis -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/tooluniverse-immune-repertoire-analysis/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install mims-harvard/ToolUniverse tooluniverse-immune-repertoire-analysis
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/tooluniverse-immune-repertoire-analysis/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-immune-repertoire-analysis -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse --path skills/tooluniverse-immune-repertoire-analysis
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/tooluniverse-immune-repertoire-analysis/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-immune-repertoire-analysis -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-immune-repertoire-analysis/SKILL.md

## Когда брать
- определить клонотипы из выгрузки MiXCR или ImmunoSEQ
- посчитать клональность и энтропию репертуара
- найти разросшиеся клоны после лечения
- проверить CDR3 по базе VDJdb на известную специфичность
- связать клонотипы с фенотипами клеток из single-cell RNA-seq

## Примеры запросов агенту
- Загрузи файл выгрузки ImmunoSEQ и определи клонотипы по связке V-ген + J-ген + CDR3aa
- Посчитай Shannon entropy, индекс Симпсона и клональность для этого репертуара и сравни с референсом здоровых доноров
- Проверь последовательность CDR3 `GLCTLVAML` в VDJdb и покажи, какие TCR её распознают

## Похожие
- [measure-survey-analysis](https://affpapa.org/nevibecode/skills/measure-survey-analysis.md) — скилл · 634 установки
- [results-analysis](https://affpapa.org/nevibecode/skills/results-analysis.md) — скилл · 542 установки
- [exploratory-data-analysis](https://affpapa.org/nevibecode/skills/exploratory-data-analysis.md) — скилл · 279 установок
- [ngs-analysis](https://affpapa.org/nevibecode/plugins/ngs-analysis.md) — плагин · ★ 7596
- [statistical-analysis](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anthropics-statistical-analysis.md) — скилл · 4600 установок
- [consulting-analysis](https://affpapa.org/nevibecode/skills/consulting-analysis.md) — скилл · 3000 установок

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md