# tooluniverse-gwas-study-explorer

Сравнивает исследования GWAS, вычисляет метаанализ ассоциаций и проверяет воспроизводимость локусов. Скилл запускает расчёты на Python и обращается к GWAS Catalog и Open Targets Genetics.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 357 установок · ★ 1759
- Автор: mims-harvard
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-gwas-study-explorer/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-gwas-study-explorer

## Что делает

Скилл сопоставляет полногеномные исследования одного признака по выборкам и когортам. Скрипты запускаются прямо через Bash. Для расчётов агент применяет pandas, scipy, statsmodels и matplotlib, извлекая данные из GWAS Catalog и Open Targets Genetics.

Внутри реализованы модели с фиксированными и случайными эффектами, а также статистика гетерогенности I² Кокрана. Инструменту требуются точные параметры. Скрипт `python_implementation.py` извлекает beta и 95% доверительные интервалы. Если публикации не содержат числовых величин эффекта, инструмент переключается в описательный режим — это защищает выводы от ложной строгости.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-gwas-study-explorer -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/tooluniverse-gwas-study-explorer/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/tooluniverse-gwas-study-explorer/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-gwas-study-explorer -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/tooluniverse-gwas-study-explorer/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-gwas-study-explorer -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/tooluniverse-gwas-study-explorer/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install mims-harvard/ToolUniverse tooluniverse-gwas-study-explorer
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/tooluniverse-gwas-study-explorer/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-gwas-study-explorer -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse --path skills/tooluniverse-gwas-study-explorer
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/tooluniverse-gwas-study-explorer/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-gwas-study-explorer -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-gwas-study-explorer/SKILL.md

## Когда брать
- сопоставить исследования GWAS по размеру выборки и популяциям
- объединить величины эффектов локуса через модель метаанализа
- проверить репликацию генетических сигналов в независимой когорте
- рассчитать показатель гетерогенности I² для спорных ассоциаций

## Примеры запросов агенту
- Сравни все исследования диабета 2 типа в GWAS Catalog и найди реплицированные локусы
- Проведи метаанализ ассоциации rs7903146 с диабетом 2 типа и посчитай I²
- Проверь, какие сигналы из дискавери-когорты подтвердились в репликационной выборке

## Похожие
- [epigraphdb-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/epigraphdb-skill.md) — скилл · 13 установок
- [gwas-catalog-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/gwas-catalog-skill.md) — скилл · 14 установок
- [stockbee-20pct-study](https://affpapa.org/nevibecode/skills/stockbee-20pct-study.md) — скилл · 2600 установок
- [gnomad-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/gnomad-database.md) — скилл · 2100 установок
- [data-engineering-study-material](https://affpapa.org/nevibecode/skills/data-engineering-study-material.md) — скилл · 2000 установок
- [ensembl-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ensembl-database.md) — скилл · 2200 установок

Из того же набора: [mims-harvard/tooluniverse](https://affpapa.org/nevibecode/by/mims-harvard/tooluniverse.md) — 55 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md