# tooluniverse-epigenomics

Обрабатывает данные метилирования ДНК, модификаций гистонов, ChIP-seq и ATAC-seq. Помогает рассчитывать плотность CpG и строить статистику хроматина без путаницы в строках таблиц.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 422 установки · ★ 1759
- Автор: mims-harvard
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-epigenomics/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-epigenomics

## Что делает

Скилл автоматизирует биоинформатический анализ данных метилирования ДНК (CpG, 5mC, RRBS), пиков ChIP-seq и доступности хроматина ATAC-seq. В работу вовлечены библиотеки Python: `pandas`, `scipy`, `numpy`, `pysam` и `statsmodels`, объединённые с инструментами разметки ToolUniverse. Перед расчётами алгоритм ищет уже готовые файлы с результатами вроде `*_executed.ipynb` или таблиц DESeq. Это бережёт время контекста.

В состав скилла входит вспомогательный скрипт `methylation_density.py`. Он вычисляет плотность CpG на уровне хромосом и всего генома, отсекая крайние значения метилирования. Типичная ловушка в длинных CSV-таблицах метилирования — подсчёт отдельных позиций вместо строк образцов. Скрипт разделяет эти метрики и защищает от ошибочных цифр.

Инструмент рассчитан строго на эпигеномику. Для анализа дифференциальной экспрессии RNA-seq или поиска мутаций он не предназначен.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-epigenomics -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/tooluniverse-epigenomics/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/tooluniverse-epigenomics/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-epigenomics -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/tooluniverse-epigenomics/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-epigenomics -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/tooluniverse-epigenomics/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install mims-harvard/ToolUniverse tooluniverse-epigenomics
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/tooluniverse-epigenomics/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-epigenomics -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse --path skills/tooluniverse-epigenomics
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/tooluniverse-epigenomics/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add mims-harvard/ToolUniverse --skill tooluniverse-epigenomics -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/tree/HEAD/skills/tooluniverse-epigenomics/SKILL.md

## Когда брать
- рассчитать плотность сайтов CpG по отдельным хромосомам
- отфильтровать экстремальные уровни метилирования в длинных CSV
- сопоставить доступность хроматина ATAC-seq с пиками ChIP-seq
- проверить гипотезу о равномерном распределении метилирования тестом хи-квадрат

## Примеры запросов агенту
- Запусти methylation_density.py для cpg_data.csv и chr_lengths.csv с фильтром экстремумов 90 и 10
- Рассчитай среднюю хромосомную плотность метилирования по файлу methylation_results.tsv
- Проверь executed-ноутбуки в папке data и найди статистику метилирования для хромосомы 1

## Похожие
- [opentargets-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/opentargets-database.md) — скилл · 2200 установок
- [ensembl-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ensembl-database.md) — скилл · 2200 установок
- [depmap](https://affpapa.org/nevibecode/skills/depmap.md) — скилл · 1900 установок
- [pysam](https://affpapa.org/nevibecode/skills/pysam.md) — скилл · 1900 установок
- [ukb-topmed-phewas-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ukb-topmed-phewas-skill.md) — скилл · 13 установок
- [eva-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/eva-skill.md) — скилл · 13 установок

Из того же набора: [mims-harvard/tooluniverse](https://affpapa.org/nevibecode/by/mims-harvard/tooluniverse.md) — 55 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md