# tiledbvcf

Скилл хранит варианты генома в TileDB-VCF, принимает VCF/BCF и выполняет запросы по регионам и образцам. Нужен для работы с когортами.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 1900 установок · ★ 54652
- Автор: K-Dense-AI
- Лицензия: MIT · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/HEAD/skills/tiledbvcf/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-19
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/tiledbvcf

## Что делает

Скилл помогает агенту загружать индексированные односэмпловые VCF/BCF в TileDB-VCF, добавлять образцы в существующую когорту и выбирать записи по регионам или образцам. Он также поддерживает потоковое чтение, статистику аллелей, проверки качества и экспорт подмножеств в VCF/BCF. Запросы учитывают перекрывающиеся записи и разные системы координат для регионов, BED и статистики.

Для локальной работы нужны нативная установка TileDB-VCF, Python 3.9-3.12 и `bcftools` для сжатия и индексации входных файлов. Каждый файл должен содержать один образец, быть отсортированным по координатам и иметь индекс `.csi` или `.tbi`. Без нативной установки TileDB-VCF скилл не сможет выполнить эти операции. TileDB Cloud требует Python-клиент, токен аккаунта и права на хранилище.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill tiledbvcf -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/tiledbvcf/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/tiledbvcf/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill tiledbvcf -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/tiledbvcf/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill tiledbvcf -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/tiledbvcf/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills tiledbvcf
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/tiledbvcf/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill tiledbvcf -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills --path skills/tiledbvcf
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/tiledbvcf/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill tiledbvcf -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/HEAD/skills/tiledbvcf/SKILL.md

## Когда брать
- загрузить VCF/BCF в когорту
- добавить новый образец в существующий набор
- найти варианты по геномному региону
- прочитать результаты порциями
- выгрузить подмножество в VCF/BCF

## Примеры запросов агенту
- Загрузи `sample1.vcf.gz` в набор `cohort` и проверь регион `chr1:1-100`.
- Добавь `sample2.vcf.gz` в существующую когорту без повторного создания набора.
- Прочитай варианты образцов `S1` и `S2` потоково и посчитай статистику аллелей.

## Похожие
- [xlsx](https://affpapa.org/nevibecode/skills/xlsx.md) — скилл · 187223 установки
- [google-agents-cli-observability](https://affpapa.org/nevibecode/skills/google-agents-cli-observability.md) — скилл · 511300 установок
- [caveman-evidence-review](https://affpapa.org/nevibecode/skills/caveman-evidence-review.md) — скилл · 104500 установок
- [migration](https://affpapa.org/nevibecode/skills/migration.md) — скилл · 103900 установок
- [performance-optimization](https://affpapa.org/nevibecode/skills/performance-optimization.md) — скилл · 65200 установок
- [supabase](https://affpapa.org/nevibecode/skills/supabase.md) — скилл · 8 установок

Из того же набора: [k-dense-ai/scientific-agent-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/k-dense-ai/scientific-agent-skills.md) — 159 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md