# string-database

Скилл обращается к STRING для поиска белок-белковых взаимодействий, обогащения функций и гомологии. Нужен для анализа белков и путей.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 2100 установок · ★ 3329
- Автор: google-deepmind
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/string_database/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-23
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/string-database

## Что делает

Скилл запускает bundled Python CLI через `uv run` и обращается к STRING database. Он умеет сопоставлять обычные имена генов с STRING ID, искать белок-белковые взаимодействия, оценивать доказательства и confidence scores, находить партнёров, анализировать GO, KEGG и Pfam, а также выполнять rank-based enrichment по экспериментальным данным.

Перед запросом нужно указать вид или NCBI Taxon ID: скилл не подставляет вид автоматически. Результаты записываются через обязательный параметр `--output <file.tsv>`, поэтому большие таблицы не выводятся в stdout. Для работы также нужен `uv` в `PATH`; при первом использовании скилл просит проверить условия STRING и создать `.licenses/string_database_LICENSE.txt` с уведомлением.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill string-database -a claude-code
```
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill string_database -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/string_database/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/string_database/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill string_database -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/string_database/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill string_database -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/string_database/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install google-deepmind/science-skills string_database
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/string_database/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill string_database -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/google-deepmind/science-skills --path skills/string_database
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/string_database/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill string_database -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/string_database/SKILL.md

## Когда брать
- найти белки, взаимодействующие с заданным белком
- сопоставить имена генов с STRING ID
- оценить доказательства и confidence scores для PPI
- проверить обогащение GO, KEGG или Pfam
- проанализировать rank-based enrichment по экспериментальным данным

## Примеры запросов агенту
- Найди взаимодействия для белков TP53 и MDM2 у вида с NCBI Taxon ID 9606 и сохрани результат в `ppi.tsv`.
- Сопоставь имена генов из `genes.txt` с STRING ID для указанного вида, затем найди их функциональное обогащение.
- Проведи rank-based enrichment по данным из `experiment.tsv` для вида с NCBI Taxon ID 9606.

## Похожие
- [anysearch](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anysearch.md) — скилл · 38500 установок
- [academic-paper](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper.md) — скилл · 10800 установок
- [nature-figure](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-figure.md) — скилл · 18800 установок
- [academic-paper-reviewer](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper-reviewer.md) — скилл · 9800 установок
- [nature-polishing](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-polishing.md) — скилл · 17500 установок
- [nature-citation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-citation.md) — скилл · 15600 установок

Из того же набора: [google-deepmind/science-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/google-deepmind/science-skills.md) — 39 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md