# scrna-seq-qc

Настраивает пайплайн контроля качества, фильтрации дуплетов и аннотации данных scRNA-seq или snRNA-seq. Помогает подготовить чистый объект AnnData и построить UMAP.

- скилл · `type=skill` · Codex, ChatGPT · 2 установки · ★ 7604
- Автор: OpenAI · официальный репозиторий OpenAI
- Лицензия: MIT · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/ngs-analysis/skills/scrna-seq-qc/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-08
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/scrna-seq-qc

## Что делает

Скилл задаёт строгую схему контроля качества для данных одноклеточного или одноядерного секвенирования РНК. Он определяет пороги фильтрации по распределению метрик в конкретном датасете, а не по жёсткому шаблону. В базовый фильтр входят детектированные гены, каунты и митохондриальная фракция.

Поиск дуплетов запускается строго через `scDblFinder` по отдельным батчам. Заменять этот инструмент без подтверждения скилл прямо запрещает. Для снижения размерности выбирается либо стандартный PCA в Scanpy, либо модель `scVI`. Для разметки типов клеток подключаются MapMyCells, `cell_type_mapper` или канонические маркеры.

Большие матрицы обрабатываются в разреженном виде без создания полных копий AnnData. Без сохранения исходных сырых каунтов в объекте запуск пайплайна потеряет воспроизводимость. На выходе формируются очищенный `.h5ad`, графики отсечек и манифест с версиями пакетов.

## Установка

### Codex (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill scrna-seq-qc -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/scrna-seq-qc/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Claude Code

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill scrna-seq-qc -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/scrna-seq-qc/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/scrna-seq-qc/

### Cursor

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/scrna-seq-qc/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install openai/plugins scrna-seq-qc
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/scrna-seq-qc/SKILL.md`

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/ngs-analysis/skills/scrna-seq-qc
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/scrna-seq-qc/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/ngs-analysis/skills/scrna-seq-qc/SKILL.md

## Когда брать
- подобрать пороги фильтрации scRNA-seq по распределению метрик партии
- найти и отсеять дуплеты клеток с помощью `scDblFinder`
- выбрать между PCA и моделью `scVI` для интеграции батчей
- разметить типы клеток через MapMyCells или маркерные панели
- построить глобальные и групповые проекции UMAP

## Примеры запросов агенту
- Проверь распределение каунтов и процента митохондрий в файле `raw_counts.h5ad` и предложи пороги фильтрации
- Запусти поиск дуплетов через `scDblFinder` раздельно по батчам для нашего набора ядер
- Построй пайплайн интеграции с `scVI` и разметь клетки через `cell_type_mapper`

## Похожие
- [anysearch](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anysearch.md) — скилл · 38500 установок
- [academic-paper](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper.md) — скилл · 10900 установок
- [nature-figure](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-figure.md) — скилл · 18800 установок
- [academic-paper-reviewer](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper-reviewer.md) — скилл · 9900 установок
- [nature-polishing](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-polishing.md) — скилл · 17500 установок
- [nature-citation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-citation.md) — скилл · 15600 установок

Из того же набора: [openai/plugins](https://affpapa.org/nevibecode/by/openai/plugins.md) — 528 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md