# reactome-database

Скилл подключает базы Reactome для анализа генных списков, поиска реакций и экспорта схем путей. Пригодится для биоинформатических расчётов прямо в терминале агента.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 2200 установок · ★ 3329
- Автор: google-deepmind
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/reactome_database/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-23
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/reactome-database

## Что делает

Скилл связывает агента с Analysis Service и Content Service базы Reactome через CLI-скрипт `scripts/reactome_analysis.py`. С его помощью можно запускать расчёт сверхпредставленности генов, сопоставлять идентификаторы UniProt с Ensembl и выгружать списки участников реакций.

Инструмент требует установленного `uv` в PATH. Без него запуск скрипта сразу завершится сбоем. Каждая команда обязательно принимает аргумент `--output` для сохранения результатов в файл, потому что стандартный поток вывода для объёмных биологических выборок не используется.

По умолчанию запросы фильтруются по человеку (Homo sapiens, ID 9606). Токены анализов хранятся ровно 7 дней. Если результат понадобится позже, токен нужно записать сразу, иначе вычисления придётся запускать повторно.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill reactome-database -a claude-code
```
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill reactome_database -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/reactome_database/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/reactome_database/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill reactome_database -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/reactome_database/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill reactome_database -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/reactome_database/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install google-deepmind/science-skills reactome_database
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/reactome_database/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill reactome_database -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/google-deepmind/science-skills --path skills/reactome_database
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/reactome_database/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill reactome_database -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/reactome_database/SKILL.md

## Когда брать
- Провести анализ обогащения биологических путей по списку генов
- Сопоставить идентификаторы белков между базами UniProt и Ensembl
- Выгрузить схему метаболического пути с подсветкой активных генов
- Получить участников биохимической реакции вместе с катализаторами

## Примеры запросов агенту
- Сделай enrichment-анализ для списка генов TP53, BRCA1, EGFR с порогом fdr 0.05
- Выгрузи участников пути Cell Cycle, Mitotic с идентификатором R-HSA-69278 в /tmp/mitotic.json
- Скачай список ненайденных генов по токену TOKEN в файл /tmp/notfound.csv

## Похожие
- [reactome-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/reactome-skill.md) — скилл · 14 установок
- [alphagenome](https://affpapa.org/nevibecode/skills/alphagenome.md) — скилл · 466 установок
- [database-lookup](https://affpapa.org/nevibecode/skills/database-lookup.md) — скилл · 2100 установок
- [tooluniverse-epigenomics](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-epigenomics.md) — скилл · 422 установки
- [tooluniverse-gene-enrichment](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-gene-enrichment.md) — скилл · 388 установок
- [ukb-topmed-phewas-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ukb-topmed-phewas-skill.md) — скилл · 13 установок

Из того же набора: [google-deepmind/science-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/google-deepmind/science-skills.md) — 39 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md