# pubmed-search

Скилл ищет биомедицинские статьи в PubMed на естественном языке через семантический поиск Valyu. Пригодится для обзоров литературы и чтения полных текстов научных работ.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 706 установок · ★ 64
- Автор: yorkeccak
- Лицензия: MIT · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/yorkeccak/scientific-skills/tree/HEAD/skills/pubmed-search/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-04
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/pubmed-search

## Что делает

Скилл отправляет запросы к базе PubMed через семантический поиск Valyu без составления сложных фильтров. В выдачу попадает полный текст публикаций вместе со ссылками на иллюстрации и прямыми адресами статей на PubMed.

Внутри находятся два файла: оболочка `scripts/search` на Bash и скрипт `scripts/search.mjs` на Node.js. Скрипт использует встроенный `fetch` без внешних npm-пакетов. Результаты возвращаются в формате JSON с кодом завершения `0` при успехе или `1` при сбое.

Для работы требуется Node.js 18+ и ключ Valyu API. Ключ сохраняется командой `scripts/search setup <api-key>`. Без него поиск завершится с флагом `setup_required: true`.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add yorkeccak/scientific-skills --skill pubmed-search -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/pubmed-search/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/pubmed-search/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add yorkeccak/scientific-skills --skill pubmed-search -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/pubmed-search/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add yorkeccak/scientific-skills --skill pubmed-search -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/pubmed-search/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install yorkeccak/scientific-skills pubmed-search
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/pubmed-search/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add yorkeccak/scientific-skills --skill pubmed-search -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/yorkeccak/scientific-skills --path skills/pubmed-search
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/pubmed-search/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add yorkeccak/scientific-skills --skill pubmed-search -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/yorkeccak/scientific-skills/tree/HEAD/skills/pubmed-search/SKILL.md

## Когда брать
- найти полные тексты биомедицинских статей в PubMed по запросу на обычном языке
- получить ссылки на схемы и графики из научных публикаций
- разобрать механизмы действия лекарств и клинические исследования через `jq`
- собрать подборку статей по генным мутациям для обзора литературы

## Примеры запросов агенту
- Найди в PubMed свежие исследования эффективности вакцин от COVID-19, покажи 15 результатов.
- Поищи статьи про мутации гена BRCA1 и риск рака молочной железы.
- Настрой поиск в PubMed через команду scripts/search setup с моим ключом Valyu.

## Похожие
- [anysearch](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anysearch.md) — скилл · 38500 установок
- [academic-paper](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper.md) — скилл · 10800 установок
- [nature-figure](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-figure.md) — скилл · 18800 установок
- [academic-paper-reviewer](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper-reviewer.md) — скилл · 9800 установок
- [nature-polishing](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-polishing.md) — скилл · 17500 установок
- [nature-citation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-citation.md) — скилл · 15600 установок

Из того же набора: [yorkeccak/scientific-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/yorkeccak/scientific-skills.md) — 4 карточки

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md