# pubmed-database

Скилл для работы с PubMed через REST API: сложные запросы с MeSH, пакетная обработка, поиск статей по PMID и DOI.

- скилл · `type=skill` · Claude Code · 149 установок
- Автор: davila7
- Лицензия: не указана · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/HEAD/cli-tool/components/skills/scientific/pubmed-database
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/pubmed-database

## Что делает

Скилл даёт агенту доступ к базе PubMed через E-utilities API. Внутри описаны пять конечных точек: ESearch для поиска и получения PMID, EFetch для выгрузки полных записей, ESummary для кратких сведений, EPost для пакетной загрузки идентификаторов и ELink для связанных статей. Запросы собираются с булевыми операторами, тегами полей и терминами MeSH, включая подзаголовки вроде `/therapy` или `/diagnosis`.

Для Python-сценариев автор советует biopython (`Bio.Entrez`), а сам скилл оставляет для прямых HTTP-запросов и своих реализаций API. Без ключа NCBI лимит — 3 запроса в секунду, с ключом — 10. В заголовке запроса нужен User-Agent, иначе сервис может отклонить обращение.

Есть отдельные файлы-справочники: `search_syntax.md` по тегам и операторам, `api_reference.md` по параметрам конечных точек. Скилл пригодится для систематических обзоров, мониторинга публикаций и сопоставления цитат по журналу, году, тому и странице.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через claude-code-templates**
```bash
npx claude-code-templates@latest --skill scientific/pubmed-database
```

2. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add davila7/claude-code-templates --skill pubmed-database -a claude-code
```

3. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/pubmed-database/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/pubmed-database/

### Codex

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/pubmed-database/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/pubmed-database/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install davila7/claude-code-templates pubmed-database
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/pubmed-database/SKILL.md`

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/davila7/claude-code-templates --path cli-tool/components/skills/scientific/pubmed-database
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/pubmed-database/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/HEAD/cli-tool/components/skills/scientific/pubmed-database

## Когда брать
- собрать выборку статей по теме с фильтром по типу публикации
- найти PMID по неполному описанию цитаты
- выгрузить аннотации сотен записей одним пакетом
- построить запрос с терминами MeSH и подзаголовками
- настроить регулярный мониторинг новых публикаций по автору

## Примеры запросов агенту
- Найди систематические обзоры по диабету второго типа за 2023–2024 годы
- Выгрузи аннотации для этих PMID через EFetch
- Собери запрос с MeSH-термином и подзаголовком /drug therapy

## Похожие
- [anysearch](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anysearch.md) — скилл · 38500 установок
- [academic-paper](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper.md) — скилл · 10900 установок
- [nature-figure](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-figure.md) — скилл · 18800 установок
- [academic-paper-reviewer](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper-reviewer.md) — скилл · 9900 установок
- [nature-polishing](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-polishing.md) — скилл · 17500 установок
- [nature-citation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-citation.md) — скилл · 15600 установок

## Другие версии с тем же именем
- [pubmed-database · google-deepmind](https://affpapa.org/nevibecode/skills/google-deepmind-pubmed-database.md) — 2700 установок

Из того же набора: [davila7/claude-code-templates](https://affpapa.org/nevibecode/by/davila7/claude-code-templates.md) — 361 карточка

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md