# pubchem-database

Скилл для работы с базой PubChem: ищет соединения по имени, CID или SMILES и вытаскивает свойства, безопасность и биоактивность.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 2200 установок · ★ 3329
- Автор: google-deepmind
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/pubchem_database/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-23
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/pubchem-database

## Что делает

Скилл даёт агенту доступ к PubChem через Python-обёртку `scripts/pubchem_api.py`. Обёртка сама держит нужный лимит запросов и разбирает JSON, поэтому несколько агентов могут работать с API одновременно без ручной синхронизации.

Что умеет: переводить имя или InChI в CID, SMILES и InChIKey; тянуть физико-химические свойства вроде MolecularWeight и XLogP; искать синонимы и торговые названия; забирать данные GHS по опасности, фармакологию FDA, произвольные разделы PUG-View, картинки структур, результаты биоассаев. Есть поиск по подструктуре и сходству, диапазонный поиск по свойствам и сырой запрос к PUG-REST.

Перед первым запуском нужен `uv` в PATH. Если файла `.licenses/pubchem_database_LICENSE.txt` в корне проекта ещё нет, скилл просит проверить условия использования PubChem и создаёт этот файл с отметкой времени. Результаты он советует читать из JSON и обрабатывать через `jq` или код.

Если разрешение по имени или формуле не сработало, скилл предлагает искать нейтральный родитель вместо иона или соли, разбирать сложную формулу на компоненты либо переходить к поиску по подструктуре.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill pubchem-database -a claude-code
```
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill pubchem_database -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/pubchem_database/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/pubchem_database/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill pubchem_database -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/pubchem_database/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill pubchem_database -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/pubchem_database/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install google-deepmind/science-skills pubchem_database
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/pubchem_database/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill pubchem_database -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/google-deepmind/science-skills --path skills/pubchem_database
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/pubchem_database/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill pubchem_database -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/pubchem_database/SKILL.md

## Когда брать
- найти CID соединения по торговому названию
- вытащить молекулярную массу и XLogP для списка молекул
- проверить GHS-предупреждения перед работой с реактивом
- найти аналоги по сходству структуры от заданного SMILES
- собрать список генов и белков, с которыми взаимодействует вещество

## Примеры запросов агенту
- найди CID аспирина и покажи его свойства
- подбери молекулы, похожие на `CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O`
- какие GHS-предупреждения у соединения с CID 2244?

## Похожие
- [rdkit](https://affpapa.org/nevibecode/skills/rdkit.md) — скилл · 1900 установок
- [tooluniverse-chemical-compound-retrieval](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-chemical-compound-retrieval.md) — скилл · 417 установок
- [tooluniverse-chemical-safety](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-chemical-safety.md) — скилл · 396 установок
- [deepchem](https://affpapa.org/nevibecode/skills/deepchem.md) — скилл · 1900 установок
- [epigraphdb-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/epigraphdb-skill.md) — скилл · 13 установок
- [cli-anything-unimol-tools](https://affpapa.org/nevibecode/skills/cli-anything-unimol-tools.md) — скилл · 457 установок

Из того же набора: [google-deepmind/science-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/google-deepmind/science-skills.md) — 39 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md