# protocolsio-integration

Скилл читает и проверяет данные protocols.io по официальным REST-контрактам, а изменения только планирует. Пригодится, если нужно выгрузить протокол или его версию.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 1900 установок · ★ 54652
- Автор: K-Dense-AI
- Лицензия: MIT · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/HEAD/skills/protocolsio-integration/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-19
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/protocolsio-integration

## Что делает

Скилл работает с protocols.io: ищет и читает протоколы, выгружает PDF, проверяет сохранённый JSON и пагинацию. Сетевые запросы идут только с флагом `--execute`, без него клиент строит план и ничего не отправляет. Для чтения нужен Python 3.11+ и обычно bearer-токен в переменной `PROTOCOLS_IO_ACCESS_TOKEN`; офлайн-проверка и планирование работают без доступа к сети.

Внутри — CLI-скрипты на стандартной библиотеке. `scripts/validate_auth_config.py` проверяет наличие токена, не показывая значение, `scripts/protocols_read.py` умеет `list`, `get` и `export-pdf`. Версии эндпоинтов различаются: список протоколов идёт через `/api/v3/protocols`, а сам протокол и шаги — через `/api/v4/protocols/[id]`. Единой базы `/api/v3` для всех ресурсов нет, поэтому версию берут из документации под конкретную операцию.

Любая запись — создание, обновление, публикация, удаление шагов, загрузка файла — сначала превращается в план без выполнения. Скрипты не читают `.env` и не ищут токены по окружению. Анонимный запрос PDF возможен, но только с явным `--anonymous`: сам по себе скилл на анонимный доступ не переключается.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill protocolsio-integration -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/protocolsio-integration/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/protocolsio-integration/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill protocolsio-integration -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/protocolsio-integration/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill protocolsio-integration -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/protocolsio-integration/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills protocolsio-integration
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/protocolsio-integration/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill protocolsio-integration -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills --path skills/protocolsio-integration
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/protocolsio-integration/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill protocolsio-integration -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/HEAD/skills/protocolsio-integration/SKILL.md

## Когда брать
- выгрузить протокол protocols.io в PDF по его DOI
- проверить сохранённый JSON протокола перед отправкой в пайплайн
- свериться с актуальной версией эндпоинта для чтения шагов
- подготовить план правок протокола без реальных изменений
- проверить, что токен доступа настроен, не показывая его значение

## Примеры запросов агенту
- Найди на protocols.io протоколы по запросу «single cell RNA» и покажи первые десять
- Скачай PDF протокола `protocol-uri/v2` в файл `protocol.pdf`
- Составь план обновления шагов протокола, ничего не отправляй

## Похожие
- [anysearch](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anysearch.md) — скилл · 38500 установок
- [academic-paper](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper.md) — скилл · 10800 установок
- [nature-figure](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-figure.md) — скилл · 18800 установок
- [academic-paper-reviewer](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper-reviewer.md) — скилл · 9800 установок
- [nature-polishing](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-polishing.md) — скилл · 17500 установок
- [nature-citation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-citation.md) — скилл · 15600 установок

Из того же набора: [k-dense-ai/scientific-agent-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/k-dense-ai/scientific-agent-skills.md) — 159 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md