# opentargets-database

Скилл даёт агенту доступ к Open Targets Platform через GraphQL: связи ген-болезнь, данные о лекарствах и оценка перспективности мишени.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 2200 установок · ★ 3329
- Автор: google-deepmind
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · лицензия открытая, файл — в исходнике
- Исходник: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/opentargets_database/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-23
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/opentargets-database

## Что делает

Скилл оборачивает GraphQL API Open Targets Platform. Платформа собирает доказательства из генетики (GWAS и eQTL), путей, животных моделей и клинических испытаний, а затем ранжирует связи мишень-болезнь и подсказывает, какие гены поддаются воздействию лекарствами.

Внутри — Python-скрипт `scripts/query_opentargets.py`, который вызывается через `uv run`. Он сам общается с API, повторяет запросы при сбоях и обрезает слишком большие ответы. Есть готовые подкоманды: `get-gwas-studies`, `get-study-credible-sets`, `get-l2g`, `get-target-druggability`, `get-associated-targets`, `get-disease-drugs`, `search-disease` и другие. Для нестандартных полей есть `custom-query` с сырым GraphQL.

Флаг `--output` обязателен: ответы бывают очень большие, поэтому результат пишется в JSON-файл, а разбирать его нужно через `jq` или своим кодом. Перед первым запуском нужен установленный `uv` на PATH. Ещё скилл требует уведомить пользователя об условиях лицензии Open Targets и создать файл `.licenses/opentargets_database_LICENSE.txt` в корне рабочей папки. Если запускаете `get-l2g` без `--study-id`, легко получить сотни credible sets при `--page-size` 200 — сравнивайте `count` с числом строк, иначе работаете с неполной выдачей.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill opentargets-database -a claude-code
```
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill opentargets_database -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/opentargets_database/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/opentargets_database/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill opentargets_database -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/opentargets_database/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill opentargets_database -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/opentargets_database/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install google-deepmind/science-skills opentargets_database
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/opentargets_database/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill opentargets_database -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/google-deepmind/science-skills --path skills/opentargets_database
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/opentargets_database/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill opentargets_database -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/opentargets_database/SKILL.md

## Когда брать
- найти гены, связанные с конкретной болезнью
- оценить, поддаётся ли мишень воздействию малой молекулой или антителом
- собрать список лекарств и клинических кандидатов по болезни
- определить вероятный причинный ген по локусу через L2G
- выгрузить GWAS-исследования и credible sets для болезни

## Примеры запросов агенту
- Найди все мишени, связанные с болезнью MONDO_0008383, и выгрузи результат в файл
- Прогони get-l2g для варианта chr1_113834946_A_G и скажи, какой ген вероятнее всего причинный
- Какие лекарства в фазе 3 или одобренные есть для EFO_1001006?

## Похожие
- [tooluniverse-gwas-drug-discovery](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-gwas-drug-discovery.md) — скилл · 386 установок
- [opentargets-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/opentargets-skill.md) — скилл · 13 установок
- [tooluniverse-target-research](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-target-research.md) — скилл · 409 установок
- [database-lookup](https://affpapa.org/nevibecode/skills/database-lookup.md) — скилл · 2100 установок
- [target-prioritization](https://affpapa.org/nevibecode/skills/target-prioritization.md) — скилл · 2900 установок
- [scvi-tools](https://affpapa.org/nevibecode/skills/scvi-tools.md) — скилл · 2400 установок

Из того же набора: [google-deepmind/science-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/google-deepmind/science-skills.md) — 39 карточек

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md