# omero-integration

Скилл для инвентаризации и автоматизации микроскопических данных на OMERO.server: обход объектов, экспорт метаданных, планирование импорта.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 1900 установок · ★ 54652
- Автор: K-Dense-AI
- Лицензия: MIT · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/HEAD/skills/omero-integration/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-19
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/omero-integration

## Что делает

Скилл даёт агенту рабочий набор для OMERO.server: `omero-py` и BlitzGateway для обхода объектов, пикселей, аннотаций и ROI, OMERO CLI для сессий, импорта и экспорта OME-TIFF или XML, а также документированные JSON API OMERO.web. Локальные планировщики в `scripts/` читают только переменные `OMERO_*` и не подхватывают `.env`.

Перед подключением скилл требует выбрать хост, группу, тип объекта, ID и лимит результатов. Учётные данные берутся только из переменных окружения — пароль или ключ сессии нельзя класть в аргументы команды, логи или вывод. По умолчанию `secure=True`, но это не гарантирует проверку имени хоста в сертификате.

Клиент ставится в окружение Python 3.12: сначала wheel IcePy 3.6.5 под нужные теги, потом `omero-py==5.22.1`. Ice 3.7 в матрице поддержки OMERO 5.6 помечен как неподдерживаемый, поэтому обычная установка может полезть собирать IcePy из исходников — берите готовый wheel. Для команд импорта и администрирования нужен `OMERODIR` с распакованным деревом OMERO.server; обычному удалённому клиенту BlitzGateway он не требуется.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill omero-integration -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/omero-integration/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/omero-integration/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill omero-integration -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/omero-integration/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill omero-integration -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/omero-integration/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install K-Dense-AI/scientific-agent-skills omero-integration
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/omero-integration/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill omero-integration -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills --path skills/omero-integration
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/omero-integration/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill omero-integration -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/HEAD/skills/omero-integration/SKILL.md

## Когда брать
- собрать список изображений и аннотаций в выбранной группе
- выгрузить метаданные объектов OMERO в файл
- спланировать импорт набора снимков без записи на сервер
- прочитать ROI и таблицы измерений по конкретным ID
- подготовить проверяемый сценарий записи аннотаций или ссылок

## Примеры запросов агенту
- Покажи сухой прогон: какие изображения есть в группе 5, лимит 50, без подключения к серверу
- Выгрузи метаданные датасета 101 в JSON, только чтение
- Спланируй импорт файлов из `./incoming` и покажи, что будет записано

## Похожие
- [anysearch](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anysearch.md) — скилл · 38500 установок
- [academic-paper](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper.md) — скилл · 10800 установок
- [nature-figure](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-figure.md) — скилл · 18800 установок
- [academic-paper-reviewer](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper-reviewer.md) — скилл · 9800 установок
- [nature-polishing](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-polishing.md) — скилл · 17500 установок
- [nature-citation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-citation.md) — скилл · 15600 установок

Из того же набора: [k-dense-ai/scientific-agent-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/k-dense-ai/scientific-agent-skills.md) — 159 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md