# ngs-scrna-seq

Скилл ведёт одноядерные и одноклеточные RNA-seq данные от FASTQ до матрицы подсчётов, а QC и кластеризацию передаёт встроенному скиллу.

- скилл · `type=skill` · Codex, ChatGPT · 2 установки · ★ 7596
- Автор: OpenAI · официальный репозиторий OpenAI
- Лицензия: MIT · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/ngs-analysis/skills/ngs-scrna-seq/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-08
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/ngs-scrna-seq

## Что делает

Скилл принимает FASTQ, матрицы подсчётов, `.h5`, `.h5ad` и `.rds`, а также результаты Cell Ranger. Сначала он уточняет тип входа, схему баркодов и UMI, организм и референс, метаданные по образцам и партиям, а ещё желаемую конечную точку — только матрица, QC, кластеризация, аннотация или UMAP.

Для FASTQ по умолчанию предлагаются публичные пайплайны: `nf-core/scrnaseq`, STARsolo, kallisto-bustools через `kb-python` и alevin-fry. 10x Cell Ranger остаётся опциональным бэкендом и включается только тогда, когда нужен вендорский формат вывода и принята лицензия 10x. Работа идёт тремя последовательными шагами: генерация матрицы подсчётов, затем QC и аннотация, затем дифференциальный анализ. Всё, что начинается с матрицы или файлов `.h5`, `.h5ad`, `.rds`, уходит во встроенный скилл `scrna-seq-qc`.

Перед запуском стоит проверить готовность окружения: `python plugins/ngs-analysis/scripts/ngs_preflight.py --pipeline scrnaseq --emit-install-plan`. Локальный прогон из FASTQ запускается скриптом `run_scrnaseq_fastq_to_count.py`, и по умолчанию он выдаёт черновые файлы плана ресурсов. Флаг `--execute` добавляйте только когда готовы Nextflow и контейнерный или HPC-профиль. Химию 10x по именам файлов скилл угадывать не станет — это повод сверить метаданные до запуска.

## Установка

### Codex (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill ngs-scrna-seq -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/ngs-scrna-seq/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Claude Code

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill ngs-scrna-seq -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/ngs-scrna-seq/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/ngs-scrna-seq/

### Cursor

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/ngs-scrna-seq/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install openai/plugins ngs-scrna-seq
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/ngs-scrna-seq/SKILL.md`

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/ngs-analysis/skills/ngs-scrna-seq
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/ngs-scrna-seq/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/ngs-analysis/skills/ngs-scrna-seq/SKILL.md

## Когда брать
- провести scRNA-seq или snRNA-seq от FASTQ до матрицы подсчётов
- выбрать публичный пайплайн вместо Cell Ranger
- собрать план ресурсов и окружения перед запуском пайплайна
- передать матрицу на QC, аннотацию и кластеризацию во встроенный скилл
- уточнить схему баркодов и референс до старта анализа

## Примеры запросов агенту
- Запусти ngs-scrna-seq на моих FASTQ, организм human, референс GRCh38
- Прогони preflight для scrnaseq и покажи план установки
- Возьми мою матрицу .h5ad и передай её в scrna-seq-qc на кластеризацию и UMAP

## Похожие
- [tooluniverse-single-cell](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-single-cell.md) — скилл · 338 установок
- [bulk-rnaseq](https://affpapa.org/nevibecode/skills/bulk-rnaseq.md) — скилл · 1400 установок
- [start](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anthropics-start.md) — скилл · 4900 установок
- [latchbio-integration](https://affpapa.org/nevibecode/skills/latchbio-integration.md) — скилл · 1900 установок
- [pubmed-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/google-deepmind-pubmed-database.md) — скилл · 2700 установок
- [chembl-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/chembl-database.md) — скилл · 2200 установок

Из того же набора: [openai/plugins](https://affpapa.org/nevibecode/by/openai/plugins.md) — 304 карточки

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md