# ngs-fastq-qc

Проверяет FASTQ, запускает FastQC и MultiQC, разбирает сигналы качества и при необходимости создаёт обрезанные чтения без изменения исходных файлов.

- скилл · `type=skill` · Codex, ChatGPT · 3 установки · ★ 7604
- Автор: OpenAI · официальный репозиторий OpenAI
- Лицензия: MIT · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/ngs-analysis/skills/ngs-fastq-qc/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-08
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/ngs-fastq-qc

## Что делает

Скилл проверяет пути к FASTQ, парность R1/R2 и параметры запуска, затем может выполнить локальный QC через FastQC и MultiQC. Для обработки доступны ветки с `fastp` или `Cutadapt`; явные адаптеры и праймеры передаются для `Cutadapt`, когда их нужно учитывать точно. Решение об обрезке принимается после просмотра исходного QC.

Локальный запуск выполняет `run_fastq_qc.py`, а перед Snakemake проходит предварительную валидацию. В папке запуска сохраняются `run_manifest.json`, `config.json`, логи, `artifact_index.json`, `summary.md`, отчёты FastQC/MultiQC и `qc_interpretation.json`. Скилл также учитывает дупликацию, poly-G, загрязнение и сбои по тайлам.

Исходные FASTQ не перезаписываются, а отчёты исходного QC сохраняются после создания trimmed FASTQ. Для запуска нужны доступные локальные инструменты из рабочего набора, включая `FastQC`, `MultiQC`, `fastp`, `Cutadapt` или `seqkit` в зависимости от ветки.

## Установка

### Codex (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill ngs-fastq-qc -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/ngs-fastq-qc/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Claude Code

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill ngs-fastq-qc -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/ngs-fastq-qc/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/ngs-fastq-qc/

### Cursor

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/ngs-fastq-qc/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install openai/plugins ngs-fastq-qc
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/ngs-fastq-qc/SKILL.md`

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/ngs-analysis/skills/ngs-fastq-qc
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/ngs-fastq-qc/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/ngs-analysis/skills/ngs-fastq-qc/SKILL.md

## Когда брать
- проверить парность R1/R2 и количество чтений
- собрать отчёты FastQC и MultiQC
- разобрать падение качества на концах чтений
- обработать адаптеры или праймеры через Cutadapt
- создать trimmed FASTQ без перезаписи raw reads

## Примеры запросов агенту
- Проведи QC для `samplesheet.csv` и подготовь краткую интерпретацию по `qc_interpretation.json`.
- Проверь пару `sampleA_R1.fastq.gz` и `sampleA_R2.fastq.gz` локальным запуском с `run_fastq_qc.py`.
- Запусти ветку `Cutadapt` для `samplesheet.csv` с адаптерами `AGATCGGAAGAGC` и сохрани исходные FASTQ.

## Похожие
- [clinvar-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/clinvar-database.md) — скилл · 2200 установок
- [uniprot-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/uniprot-database.md) — скилл · 2200 установок
- [database-lookup](https://affpapa.org/nevibecode/skills/database-lookup.md) — скилл · 2100 установок
- [tiledbvcf](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tiledbvcf.md) — скилл · 1900 установок
- [tooluniverse](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse.md) — скилл · 479 установок
- [bioinformatics-fundamentals](https://affpapa.org/nevibecode/skills/bioinformatics-fundamentals.md) — скилл · 440 установок

Из того же набора: [openai/plugins](https://affpapa.org/nevibecode/by/openai/plugins.md) — 528 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md