# ngs-chip-cutrun-peaks-qc

Скилл планирует и запускает QC для ChIP-seq, CUT&RUN и CUT&Tag: от контроля образцов до пиков, bigWig и differential binding.

- скилл · `type=skill` · Codex, ChatGPT · 2 установки · ★ 7604
- Автор: OpenAI · официальный репозиторий OpenAI
- Лицензия: MIT · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/ngs-analysis/skills/ngs-chip-cutrun-peaks-qc/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-08
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/ngs-chip-cutrun-peaks-qc

## Что делает

Скилл принимает данные FASTQ/BAM, сведения о paired-end, контролях, организме, сборке генома, blacklist, spike-in и репликах. Он помогает выбрать узкий или широкий режим пиков, проверить выравнивание, дубликаты, размер фрагментов, FRiP, пересечение с blacklist и согласованность реплик.

Для ChIP-seq можно использовать `nf-core/chipseq`, а для CUT&RUN и CUT&Tag — `nf-core/cutandrun`. Локальный запуск через `run_chip_cutrun_peaks_qc.py` создаёт QC-сводку, HTML-дашборд, SVG-графики, bigWig-треки, consensus peaks и файлы для мотивов. Прямой запуск MACS2 рассчитан только на подготовленные BAM с известным контролем и политикой дубликатов.

Скилл также формирует планы ресурсов и манифесты. Проверка ресурсов по умолчанию носит рекомендательный характер, поэтому для блокировки готовности нужны `--genome-build`, `--bundle-root <bundle>=<path>` и `--require-resource-plan`.

## Установка

### Codex (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill ngs-chip-cutrun-peaks-qc -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/ngs-chip-cutrun-peaks-qc/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Claude Code

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill ngs-chip-cutrun-peaks-qc -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/ngs-chip-cutrun-peaks-qc/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/ngs-chip-cutrun-peaks-qc/

### Cursor

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/ngs-chip-cutrun-peaks-qc/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install openai/plugins ngs-chip-cutrun-peaks-qc
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/ngs-chip-cutrun-peaks-qc/SKILL.md`

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/ngs-analysis/skills/ngs-chip-cutrun-peaks-qc
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/ngs-chip-cutrun-peaks-qc/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/ngs-analysis/skills/ngs-chip-cutrun-peaks-qc/SKILL.md

## Когда брать
- проверить качество ChIP-seq, CUT&RUN или CUT&Tag
- выбрать узкие или широкие пики по классу мишени
- сопоставить образцы с контролями и spike-in
- получить bigWig, consensus peaks и QC-отчёты
- подготовить дизайн differential binding

## Примеры запросов агенту
- Проведи QC для ChIP-seq с TF-мишенью и проверь реплики.
- Запусти анализ по `chip_or_cutrun_samples.csv`, создай bigWig и consensus peaks.
- Спланируй differential binding для CUT&Tag с контролем и spike-in.

## Похожие
- [anysearch](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anysearch.md) — скилл · 38500 установок
- [academic-paper](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper.md) — скилл · 10900 установок
- [nature-figure](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-figure.md) — скилл · 18800 установок
- [academic-paper-reviewer](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper-reviewer.md) — скилл · 9900 установок
- [nature-polishing](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-polishing.md) — скилл · 17500 установок
- [nature-citation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-citation.md) — скилл · 15600 установок

Из того же набора: [openai/plugins](https://affpapa.org/nevibecode/by/openai/plugins.md) — 422 карточки

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md