# ngs-bulk-rnaseq-differential-expression

Скилл планирует и запускает дифференциальный анализ экспрессии bulk RNA-seq по матрицам отсчётов. Помогает проверить реплики, формулу дизайна, батчи и построить графики контроля качества.

- скилл · `type=skill` · Codex, ChatGPT · 2 установки · ★ 7604
- Автор: OpenAI · официальный репозиторий OpenAI
- Лицензия: MIT · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/ngs-analysis/skills/ngs-bulk-rnaseq-differential-expression/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-08
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/ngs-bulk-rnaseq-differential-expression

## Что делает

Инструмент подготавливает дифференциальный анализ экспрессии в R через Bioconductor, опираясь на DESeq2, edgeR или limma-voom. По умолчанию активен режим auto. Локальный раннер `python plugins/ngs-analysis/scripts/run_bulk_rnaseq_de.py` выбирает DESeq2 для целочисленных отсчётов, откатывается к edgeR при нехватке пакета и использует `limma_log2` для непрерывных значений экспрессии.

Перед расчётами агент проверяет совпадение имён образцов в метаданных со столбцами матрицы и биологическую повторность контрастов. Это обязательное условие. Без достаточного числа биологических реплик расчёт блокируется, а для непроверенных контрастов раннер создаёт заглушки `.not_tested.tsv`.

На выходе скрипт сохраняет таблицы экспрессии, графики PCA и средних дисперсий. Для проверки запускается локальное приложение Marimo с адресом в `notebooks/marimo_server.json`. Все файлы прогона структурируются в каталогах с `run_manifest.json`, логами и `summary.md`.

## Установка

### Codex (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill ngs-bulk-rnaseq-differential-expression -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/ngs-bulk-rnaseq-differential-expression/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Claude Code

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill ngs-bulk-rnaseq-differential-expression -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/ngs-bulk-rnaseq-differential-expression/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/ngs-bulk-rnaseq-differential-expression/

### Cursor

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/ngs-bulk-rnaseq-differential-expression/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install openai/plugins ngs-bulk-rnaseq-differential-expression
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/ngs-bulk-rnaseq-differential-expression/SKILL.md`

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/ngs-analysis/skills/ngs-bulk-rnaseq-differential-expression
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/ngs-bulk-rnaseq-differential-expression/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/ngs-analysis/skills/ngs-bulk-rnaseq-differential-expression/SKILL.md

## Когда брать
- спланировать дифференциальный анализ bulk RNA-seq с учётом батчей и ковариат
- проверить сырую матрицу отсчётов и метаданные перед запуском DESeq2 или edgeR
- сгенерировать графики контроля качества: PCA, расстояния между образцами и размеры библиотек
- сформировать таблицы контрастов и интерактивный отчёт в Marimo на localhost

## Примеры запросов агенту
- Запусти дифференциальный анализ bulk RNA-seq для `count_matrix.tsv` и `sample_metadata.tsv` с контрастами из `contrasts.tsv`.
- Проверь матрицу отсчётов и метаданные образцов перед запуском DESeq2, выяви батч-эффекты и выбросы на PCA.
- Выполни префлайт-проверку пайплайна: `python plugins/ngs-analysis/scripts/ngs_preflight.py --pipeline bulk_rnaseq_differential_expression --emit-install-plan`.

## Похожие
- [anysearch](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anysearch.md) — скилл · 38500 установок
- [academic-paper](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper.md) — скилл · 10900 установок
- [nature-figure](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-figure.md) — скилл · 18800 установок
- [academic-paper-reviewer](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper-reviewer.md) — скилл · 9900 установок
- [nature-polishing](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-polishing.md) — скилл · 17500 установок
- [nature-citation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-citation.md) — скилл · 15600 установок

Из того же набора: [openai/plugins](https://affpapa.org/nevibecode/by/openai/plugins.md) — 528 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md