# ngs-analysis-router

Скилл определяет тип NGS-данных и направляет запрос к подходящему публичному пайплайну. Он пригодится для BCL, FASTQ, BAM/CRAM, матриц и VCF.

- скилл · `type=skill` · Codex, ChatGPT · 3 установки · ★ 7604
- Автор: OpenAI · официальный репозиторий OpenAI
- Лицензия: MIT · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/ngs-analysis/skills/ngs-analysis-router/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-08
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/ngs-analysis-router

## Что делает

Скилл проверяет доступные файлы и различает BCL, FASTQ, BAM/CRAM, VCF и матрицы счётов. Затем он выбирает один из специализированных скиллов для вариантов, RNA-seq, single-cell, эпигеномики, ампликонов или метагеномики. Если данных мало, он задаёт только вопросы, нужные для маршрута: тип анализа, организм, референс, режим чтения и требуемый результат.

Внутри есть схемы приёма и реестр пайплайнов, а также скрипты `ngs_preflight.py` и `ngs_reference_manager.py`. Перед установкой или запуском скилл формирует план проверки окружения, а для тяжёлых по референсам задач — план ресурсов. Команды установки остаются на проверку, пока пользователь явно не разрешит выполнение.

Для human data перед облачным маршрутом нужно подтвердить, разрешена ли загрузка данных. Также скилл учитывает локальный компьютер, HPC или cloud, контейнеры, возможность установки пакетов и границы лицензий.

## Установка

### Codex (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill ngs-analysis-router -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/ngs-analysis-router/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Claude Code

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill ngs-analysis-router -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/ngs-analysis-router/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/ngs-analysis-router/

### Cursor

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/ngs-analysis-router/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install openai/plugins ngs-analysis-router
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/ngs-analysis-router/SKILL.md`

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/ngs-analysis/skills/ngs-analysis-router
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/ngs-analysis-router/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/ngs-analysis/skills/ngs-analysis-router/SKILL.md

## Когда брать
- определить пайплайн по типу NGS-файлов
- собрать список недостающих параметров анализа
- проверить окружение перед установкой инструментов
- спланировать референсы и базы для пайплайна
- разделить локальный и облачный сценарий работы

## Примеры запросов агенту
- Определи, какой NGS-пайплайн нужен для `sample_R1.fastq.gz` и `sample_R2.fastq.gz`, и задай только обязательные вопросы.
- Разбери папку с `RunInfo.xml`, `SampleSheet.csv` и `Data/Intensities/BaseCalls`, затем подготовь план маршрутизации.
- Проверь окружение для анализа `counts.h5ad` и покажи следующий шаг до установки.

## Похожие
- [anysearch](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anysearch.md) — скилл · 38500 установок
- [academic-paper](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper.md) — скилл · 10900 установок
- [nature-figure](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-figure.md) — скилл · 18800 установок
- [academic-paper-reviewer](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper-reviewer.md) — скилл · 9900 установок
- [nature-polishing](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-polishing.md) — скилл · 17500 установок
- [nature-citation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-citation.md) — скилл · 15600 установок

Из того же набора: [openai/plugins](https://affpapa.org/nevibecode/by/openai/plugins.md) — 422 карточки

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md