# ncbi-sequence-fetch

Получает белковые и нуклеотидные последовательности из баз NCBI через E-utilities. Пригодится для поиска данных по номерам accession, генам, локусам, PubMed ID или патентам.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 2200 установок · ★ 3329
- Автор: google-deepmind
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/ncbi_sequence_fetch/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-23
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/ncbi-sequence-fetch

## Что делает

Скилл обращается к NCBI Entrez E-utilities через обёртку `scripts/ncbi_fetch.py`. Он поддерживает десять подкоманд: прямую загрузку по номерам accession (RefSeq, GenPept), поиск трансляций CDS, свободный текстовый поиск, извлечение последовательностей из патентов и переход по связям между базами данных. Скрипт всегда возвращает структурированный JSON и выводит текстовую сводку в терминал.

Для запуска нужен `uv` в PATH. Все вызовы идут строго через скрипт-обёртку, потому что он сам следит за лимитами запросов. Без API-ключа сервис NCBI держит ограничение в 3 запроса в секунду. Если прописать ключ `NCBI_API_KEY` в файле `.env` домашней директории, лимит вырастает до 10 запросов в секунду. Это убережёт от ошибки 429 при массовой выгрузке.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ncbi-sequence-fetch -a claude-code
```
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ncbi_sequence_fetch -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/ncbi_sequence_fetch/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/ncbi_sequence_fetch/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ncbi_sequence_fetch -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/ncbi_sequence_fetch/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ncbi_sequence_fetch -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/ncbi_sequence_fetch/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install google-deepmind/science-skills ncbi_sequence_fetch
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/ncbi_sequence_fetch/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ncbi_sequence_fetch -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/google-deepmind/science-skills --path skills/ncbi_sequence_fetch
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/ncbi_sequence_fetch/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ncbi_sequence_fetch -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/ncbi_sequence_fetch/SKILL.md

## Когда брать
- получить последовательность белка или нуклеотида по номеру accession
- найти белок по названию гена и организму
- транслировать CDS в белок тремя методами
- извлечь аминокислотные последовательности из патентов
- найти связанные со статьёй в PubMed белки

## Примеры запросов агенту
- Найди последовательность белка для гена WRR4B у Arabidopsis thaliana через ncbi-sequence-fetch
- Получи FASTA-последовательность для нуклеотида MK034466 и переведи CDS в белок
- Выгрузи белки, связанные со статьёй PubMed ID 30692254

## Похожие
- [ncbi-pmc-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ncbi-pmc-skill.md) — скилл · 15 установок
- [ncbi-blast-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ncbi-blast-skill.md) — скилл · 17 установок
- [biopython](https://affpapa.org/nevibecode/skills/biopython.md) — скилл · 2000 установок
- [depmap](https://affpapa.org/nevibecode/skills/depmap.md) — скилл · 1900 установок
- [tooluniverse-epigenomics](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-epigenomics.md) — скилл · 422 установки
- [tooluniverse-gene-enrichment](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-gene-enrichment.md) — скилл · 388 установок

Из того же набора: [google-deepmind/science-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/google-deepmind/science-skills.md) — 39 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md