# locus-to-gene-mapper-skill

Сопоставляет локусы GWAS с генами-кандидатами через цепочку биоинформатических баз данных. Помогает приоритизировать гены по названию фенотипа или списку генетических вариантов.

- скилл · `type=skill` · Codex, ChatGPT · 13 установок · ★ 7596
- Автор: OpenAI · официальный репозиторий OpenAI
- Лицензия: LicenseRef-Proprietary · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/life-science-research/skills/locus-to-gene-mapper-skill/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-08
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/locus-to-gene-mapper-skill

## Что делает

Скилл принимает на вход название признака, идентификатор EFO или список rsID для ранжирования генов-кандидатов. В ходе работы он последовательно запрашивает EFO, GWAS Catalog, Open Targets, GTEx, Genebass, ClinVar, gnomAD и Human Protein Atlas. Инструмент сохраняет отчёты на диск. Готовые результаты записываются в `locus_to_gene_mapping.json` и `locus_to_gene_summary.md`.

За вычисления отвечает встроенный скрипт `scripts/map_locus_to_gene.py`. Для его работы требуется окружение Python 3.11+ с установленной библиотекой `requests`. Для построения графиков понадобятся `pandas`, `matplotlib` и `seaborn`. Без Python 3.11 и библиотеки `requests` запустить анализ не удастся.

## Установка

### Codex (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill locus-to-gene-mapper-skill -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/locus-to-gene-mapper-skill/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Claude Code

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill locus-to-gene-mapper-skill -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/locus-to-gene-mapper-skill/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/locus-to-gene-mapper-skill/

### Cursor

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/locus-to-gene-mapper-skill/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install openai/plugins locus-to-gene-mapper-skill
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/locus-to-gene-mapper-skill/SKILL.md`

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/locus-to-gene-mapper-skill
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/locus-to-gene-mapper-skill/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/life-science-research/skills/locus-to-gene-mapper-skill/SKILL.md

## Когда брать
- ранжировать гены-кандидаты по локусам GWAS
- собрать доказательную базу из Open Targets, GTEx и gnomAD
- нормализовать координаты rsID через сборки GRCh37 и GRCh38
- получить структурированный JSON с аннотациями вариантов

## Примеры запросов агенту
- Запусти сопоставление локусов и генов для признака `type 2 diabetes`
- Построй приоритизацию генов для EFO-идентификатора `EFO_0000341`
- Ранжируй гены-кандидаты для вариантов `rs1873625` и `rs7903146`

## Похожие
- [anysearch](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anysearch.md) — скилл · 38500 установок
- [academic-paper](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper.md) — скилл · 10800 установок
- [nature-figure](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-figure.md) — скилл · 18800 установок
- [academic-paper-reviewer](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper-reviewer.md) — скилл · 9800 установок
- [nature-polishing](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-polishing.md) — скилл · 17500 установок
- [nature-citation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-citation.md) — скилл · 15600 установок

Из того же набора: [openai/plugins](https://affpapa.org/nevibecode/by/openai/plugins.md) — 422 карточки

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md