# literature-search-biorxiv

Ищет препринты в bioRxiv и medRxiv по DOI или датам. Нужен для отбора публикаций по категории, автору и ключевым словам.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 2500 установок · ★ 3329
- Автор: google-deepmind
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/literature_search_biorxiv/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-23
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/literature-search-biorxiv

## Что делает

Скилл получает метаданные одной статьи через DOI с помощью `search_by_doi.py` и просматривает препринты через `search_by_dates.py`. Поиск по датам принимает категорию, автора и ключевые слова; результаты выводятся JSON-массивом, который следует перенаправлять в файл. Полные аннотации добавляются флагом `--include_abstracts`.

Ключевые слова и авторы фильтруются локально после загрузки метаданных, поэтому для них нужен диапазон в 1–4 недели и `--category`. Это повод не запускать поиск по месяцам или годам: он может привести к тайм-ауту и блокировке API. Скрипты сами обходят страницы выдачи, соблюдают лимит запросов и повторяют запросы при сбоях. Для работы нужен `uv` в `PATH`; PDF скилл не скачивает.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill literature-search-biorxiv -a claude-code
```
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill literature_search_biorxiv -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/literature_search_biorxiv/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/literature_search_biorxiv/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill literature_search_biorxiv -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/literature_search_biorxiv/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill literature_search_biorxiv -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/literature_search_biorxiv/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install google-deepmind/science-skills literature_search_biorxiv
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/literature_search_biorxiv/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill literature_search_biorxiv -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/google-deepmind/science-skills --path skills/literature_search_biorxiv
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/literature_search_biorxiv/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill literature_search_biorxiv -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/literature_search_biorxiv/SKILL.md

## Когда брать
- найти метаданные препринта по DOI
- отобрать статьи за заданный диапазон дат
- отфильтровать препринты по предметной категории
- найти публикации автора в коротком временном окне
- добавить аннотации в JSON-результат

## Примеры запросов агенту
- Найди метаданные препринта с DOI `10.1101/2023.08.15.551388` через literature-search-biorxiv и сохрани JSON в `paper_info.json`.
- Просмотри bioRxiv за даты `2024-01-01`–`2024-01-14` в категории `neuroscience`, результат запиши в `results.json`.
- Найди в medRxiv препринты по ключевым словам за короткий диапазон дат, укажи категорию и включи аннотации.

## Похожие
- [biorxiv-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/biorxiv-skill.md) — скилл · 14 установок
- [literature-search](https://affpapa.org/nevibecode/skills/yorkeccak-literature-search.md) — скилл · 600 установок
- [gemini-search](https://affpapa.org/nevibecode/skills/gemini-search.md) — скилл · 407 установок
- [paper-lookup](https://affpapa.org/nevibecode/skills/paper-lookup.md) — скилл · 2300 установок
- [daily-paper-generator](https://affpapa.org/nevibecode/skills/daily-paper-generator.md) — скилл · 410 установок
- [marimo-notebook](https://affpapa.org/nevibecode/skills/marimo-notebook.md) — скилл · 5900 установок

Из того же набора: [google-deepmind/science-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/google-deepmind/science-skills.md) — 39 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md