# interpro-database

Ищет домены, семейства и сайты в белках через API InterPro. Помогает сопоставлять данные 14 баз данных и аннотировать геномы терминами GO.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 2100 установок · ★ 3329
- Автор: google-deepmind
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/interpro_database/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-23
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/interpro-database

## Что делает

Скилл подключает скрипт `scripts/interpro_client.py` для запросов к API InterPro, объединяющему 14 баз данных (включая Pfam, CDD и SMART). Клиент сам обрабатывает лимиты частоты с кодом 429, ожидание фоновых задач с кодом 408 и постраничную загрузку.

Запросы можно запускать через CLI с сохранением в JSONL-файлы либо импортировать генератор `fetch_interpro_data` прямо в Python-скрипты. Скилл поддерживает шесть базовых эндпоинтов: `/entry`, `/protein`, `/structure`, `/taxonomy`, `/proteome` и `/set`. Для каждого эндпоинта разрешён только строгий список источников: передача неверного значения `source_db` возвращает ошибку 404.

Для работы нужен `uv` в `PATH`. Без него запуск скрипта невозможен. При первом вызове скилл проверяет файл `.licenses/interpro_database_LICENSE.txt` в корне проекта, напоминая об условиях использования базы и фиксируя метку времени.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill interpro-database -a claude-code
```
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill interpro_database -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/interpro_database/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/interpro_database/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill interpro_database -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/interpro_database/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill interpro_database -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/interpro_database/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install google-deepmind/science-skills interpro_database
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/interpro_database/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill interpro_database -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/google-deepmind/science-skills --path skills/interpro_database
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/interpro_database/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill interpro_database -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/interpro_database/SKILL.md

## Когда брать
- найти белковые домены, семейства и активные сайты по идентификатору
- отобрать белки одного семейства из разных организмов
- аннотировать геномы терминами Gene Ontology
- проверить архитектуру доменов через поиск IDA

## Примеры запросов агенту
- Найди через `interpro_client.py` все домены Pfam для человеческих белков и сохрани первые 10 записей в `results.jsonl`
- Сделай запрос к эндпоинту `/entry/pfam/PF00001` через клиент InterPro с лимитом в 5 результатов
- Напиши Python-скрипт с функцией `fetch_interpro_data` для выгрузки архитектуры доменов белка `P04637`

## Похожие
- [anysearch](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anysearch.md) — скилл · 38500 установок
- [academic-paper](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper.md) — скилл · 10800 установок
- [nature-figure](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-figure.md) — скилл · 18800 установок
- [academic-paper-reviewer](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper-reviewer.md) — скилл · 9800 установок
- [nature-polishing](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-polishing.md) — скилл · 17500 установок
- [nature-citation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-citation.md) — скилл · 15600 установок

Из того же набора: [google-deepmind/science-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/google-deepmind/science-skills.md) — 39 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md