# human-protein-atlas-database

Извлекает данные об экспрессии белков и их субклеточной локализации из Human Protein Atlas. Помогает проверить наличие белка в тканях человека и опухолях.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 2200 установок · ★ 3329
- Автор: google-deepmind
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/human_protein_atlas_database/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-23
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/human-protein-atlas-database

## Что делает

Скилл запрашивает базу данных Human Protein Atlas через CLI-обёртку на Python. В отличие от RNA-seq, инструмент подтверждает фактическое присутствие самого белка. Данные получены методом иммуногистохимии. Дополнительно выводятся конкретные органеллы клетки, где обнаружен белок.

Для работы нужен менеджер пакетов `uv`. Все запросы выполняет вспомогательный скрипт `scripts/hpa_cli.py`, который распределяет нагрузку на API и повторяет попытки при сбоях. Результаты сохраняются строго в файлы формата JSON внутри директории `/tmp/`. Вывод слишком велик для консоли.

Инструмент ограничен только белками человека дикого типа. Запросы по другим видам или поиск генетических вариантов вроде QTL здесь не сработают из-за специфики самой базы. При первом запуске потребуется подтвердить ознакомление с лицензией HPA в файле `.licenses/human_protein_atlas_database_LICENSE.txt`.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill human-protein-atlas-database -a claude-code
```
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill human_protein_atlas_database -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/human_protein_atlas_database/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/human_protein_atlas_database/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill human_protein_atlas_database -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/human_protein_atlas_database/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill human_protein_atlas_database -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/human_protein_atlas_database/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install google-deepmind/science-skills human_protein_atlas_database
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/human_protein_atlas_database/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill human_protein_atlas_database -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/google-deepmind/science-skills --path skills/human_protein_atlas_database
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/human_protein_atlas_database/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill human_protein_atlas_database -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/human_protein_atlas_database/SKILL.md

## Когда брать
- сопоставить символ гена с идентификатором Ensembl ID
- получить уровни экспрессии белка в нормальных тканях и раковых клетках
- определить субклеточную локализацию белка в органеллах
- проверить согласованность консенсуса RNA-seq с экспрессией белка
- найти гены по критериям присутствия белка в конкретных органах

## Примеры запросов агенту
- Определи Ensembl ID для гена TP53 и сохрани результат в /tmp/tp53.json
- Проверь экспрессию белка для гена ENSG00000130234 в тканях щитовидной железы
- Найди в Human Protein Atlas гены с повышенной экспрессией в миндалевидном теле

## Похожие
- [human-protein-atlas-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/human-protein-atlas-skill.md) — скилл · 13 установок
- [tooluniverse](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse.md) — скилл · 479 установок
- [tooluniverse-expression-data-retrieval](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-expression-data-retrieval.md) — скилл · 405 установок
- [ginkgo-cloud-lab](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ginkgo-cloud-lab.md) — скилл · 1900 установок
- [ngs-bulk-rnaseq](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ngs-bulk-rnaseq.md) — скилл · 2 установки
- [pydeseq2](https://affpapa.org/nevibecode/skills/pydeseq2.md) — скилл · 1900 установок

Из того же набора: [google-deepmind/science-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/google-deepmind/science-skills.md) — 39 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md