# pubmed-database

Скилл даёт агенту доступ к PubMed и PubMed Central: искать статьи, вытаскивать абстракты и полный текст, связывать публикации с биологическими базами.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 2700 установок · ★ 3329
- Автор: google-deepmind
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/pubmed_database/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-23
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/google-deepmind-pubmed-database

## Что делает

Скилл оборачивает NCBI E-utilities и PMC BioC API в один CLI `scripts/pubmed_api.py` с десятью функциями: поиск по запросу, загрузка абстрактов, полный текст из PMC, линковка на гены, белки, нуклеотиды и PubChem, проверка медицинской орфографии, сопоставление сырых цитат и кеширование наборов результатов. Агент вызывает функции через `uv run`, а JSON на выходе фильтруется через `jq` — так контекст не забивается лишними полями.

Перед первым запуском нужен `uv` в PATH и файл `.env` в домашней директории. Ключ `NCBI_API_KEY` необязателен, но с ним лимит поднимается с 3 до 10 запросов в секунду; без ключа скилл работает, однако при серии запросов можно поймать 429. `USER_EMAIL` тоже опционален и просто идентифицирует вызывающего для NCBI.

Обращаться к API напрямую через `curl` или свой код нельзя — обёртка сама следит за лимитами. Ещё скилл требует разово подтвердить, что вы прочитали условия PubMed и NCBI, и создаёт файл-отметку в `.licenses/`. Если планируете массовую выборку, читайте референсы по группам функций: аргументы и флаги описаны только там, по именам функций их не угадать.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill pubmed-database -a claude-code
```
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill pubmed_database -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/pubmed_database/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/pubmed_database/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill pubmed_database -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/pubmed_database/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill pubmed_database -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/pubmed_database/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install google-deepmind/science-skills pubmed_database
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/pubmed_database/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill pubmed_database -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/google-deepmind/science-skills --path skills/pubmed_database
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/pubmed_database/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill pubmed_database -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/pubmed_database/SKILL.md

## Когда брать
- найти статьи по свободному запросу и получить список PMID
- вытащить абстракты пачкой по списку идентификаторов
- связать публикацию с конкретным геном или соединением
- сопоставить сырую цитату с записью в PubMed
- проверить написание медицинского термина перед поиском

## Примеры запросов агенту
- Найди в PubMed статьи про BRCA1, выведи 5 результатов и покажи заголовки
- Загрузи абстракты для PMID 35113657 и оставь только title и abstract
- Свяжи эту статью с записями в PubChem и Gene

## Похожие
- [biopython](https://affpapa.org/nevibecode/skills/biopython.md) — скилл · 2000 установок
- [firecrawl-research-papers](https://affpapa.org/nevibecode/skills/firecrawl-research-papers.md) — скилл · 33800 установок
- [firecrawl-research-index](https://affpapa.org/nevibecode/skills/firecrawl-research-index.md) — скилл · 24400 установок
- [novelty-assessment](https://affpapa.org/nevibecode/skills/novelty-assessment.md) — скилл · 1800 установок
- [tooluniverse-literature-deep-research](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-literature-deep-research.md) — скилл · 664 установки
- [gemini-search](https://affpapa.org/nevibecode/skills/gemini-search.md) — скилл · 407 установок

Из того же набора: [google-deepmind/science-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/google-deepmind/science-skills.md) — 39 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md