# ensembl-skill

Отправляет точечные запросы к REST API Ensembl и возвращает краткие сводки по генам, регионам и вариациям.

- скилл · `type=skill` · Codex, ChatGPT · 13 установок · ★ 7596
- Автор: OpenAI · официальный репозиторий OpenAI
- Лицензия: LicenseRef-Proprietary · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/life-science-research/skills/ensembl-skill/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-08
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/ensembl-skill

## Что делает

Скилл связывается с сервером `https://rest.ensembl.org` через вспомогательный скрипт `scripts/rest_request.py`. Вместо передачи сырых ответов в контекст модели он формирует сжатые сводки в формате Markdown. Полный исходный JSON выдаётся только тогда, когда пользователь прямо запрашивает машинно-читаемый формат.

Основная работа идёт через эндпоинты `lookup/id/<id>`, поиск наложений `overlap/region/<species>/<region>`, перекрёстные ссылки `xrefs/id/<id>` и мутации `variation/<species>/<id>`. Для списков перекрывающихся участков скрипт советует ограничить выборку параметром `max_items=10`.

Скрипт считывает параметры из `stdin`, поэтому в рабочей среде необходим установленный Python. Если требуется сохранить полный ответ сервера без сокращений, используется связка флага `save_raw=true` и пути в `raw_output_path`.

## Установка

### Codex (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill ensembl-skill -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/ensembl-skill/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Claude Code

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill ensembl-skill -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/ensembl-skill/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/ensembl-skill/

### Cursor

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/ensembl-skill/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install openai/plugins ensembl-skill
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/ensembl-skill/SKILL.md`

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/ensembl-skill
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/ensembl-skill/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/life-science-research/skills/ensembl-skill/SKILL.md

## Когда брать
- найти информацию о гене по идентификатору Ensembl
- получить список генов в заданном геномном регионе
- выгрузить перекрёстные ссылки для заданного объекта
- проверить данные генетических вариаций по виду организма

## Примеры запросов агенту
- Найди информацию о гене ENSG00000141510 через Ensembl
- Покажи гены в регионе homo_sapiens 1:1000000-1002000
- Запроси перекрёстные ссылки для этого ID и сохрани сырой ответ на диск

## Похожие
- [anysearch](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anysearch.md) — скилл · 38500 установок
- [academic-paper](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper.md) — скилл · 10800 установок
- [nature-figure](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-figure.md) — скилл · 18800 установок
- [academic-paper-reviewer](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper-reviewer.md) — скилл · 9800 установок
- [nature-polishing](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-polishing.md) — скилл · 17500 установок
- [nature-citation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-citation.md) — скилл · 15600 установок

Из того же набора: [openai/plugins](https://affpapa.org/nevibecode/by/openai/plugins.md) — 422 карточки

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md