# ensembl-database

Переводит символы генов в ENSG, ENST и ENSP, тянет последовательности и предсказывает эффект варианта через VEP. Нужен, когда работаешь с геномными данными из терминала.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 2200 установок · ★ 3329
- Автор: google-deepmind
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/ensembl_database/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-23
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/ensembl-database

## Что делает

Скилл оборачивает Ensembl REST API в набор команд на Python. Разрешает неоднозначные символы и алиасы генов, кросс-ссылается на RefSeq, HGNC и UniProt, достаёт сырые последовательности ДНК по координатам, структуру транскрипта с экзонами и границами CDS, а также аминокислотный FASTA для ENST или ENSP. Для вариантов работает VEP: предсказывает молекулярные последствия и подключает плагины AlphaMissense, Conservation, DosageSensitivity, IntAct, MaveDB, OpenTargets, LoF, NMD, UTRAnnotator, mutfunc и LOEUF.

Внутри — скрипт `scripts/ensembl_api.py`, который запускается через `uv run`. Он сам держит нужный лимит запросов, поэтому обращаться к базе напрямую не стоит. Полный JSON или FASTA уходит в файл в `/tmp` либо туда, куда укажет `--output`, а в stdout печатается краткая сводка. Сборка по умолчанию — GRCh38; для GRCh37 нужен флаг `--assembly GRCh37`.

Перед первым запуском проверь, что `uv` установлен и лежит в PATH. Если в корне рабочей папки нет `.licenses/ensembl_database_LICENSE.txt`, скилл попросит свериться с условиями Ensembl и создаст этот файл с отметкой времени. Вид по умолчанию — `human`, а из транскриптов возвращается только MANE Select для человека или Canonical для остальных видов, если явно не запросить все изоформы.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ensembl-database -a claude-code
```
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ensembl_database -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/ensembl_database/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/ensembl_database/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ensembl_database -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/ensembl_database/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ensembl_database -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/ensembl_database/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install google-deepmind/science-skills ensembl_database
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/ensembl_database/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ensembl_database -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/google-deepmind/science-skills --path skills/ensembl_database
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/ensembl_database/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill ensembl_database -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/ensembl_database/SKILL.md

## Когда брать
- перевести символ гена в стабильный ENSG
- связать Ensembl ID с UniProt или RefSeq
- выгрузить последовательность ДНК по координатам хромосомы
- получить экзоны и границы CDS транскрипта
- оценить последствия варианта через VEP

## Примеры запросов агенту
- разреши TP53 в ENSG для человека
- покажи структуру транскрипта ENST00000269305
- предскажи эффект варианта 9:21971147:T:C через VEP

## Похожие
- [database-lookup](https://affpapa.org/nevibecode/skills/database-lookup.md) — скилл · 2100 установок
- [scvi-tools](https://affpapa.org/nevibecode/skills/scvi-tools.md) — скилл · 2400 установок
- [ukb-topmed-phewas-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ukb-topmed-phewas-skill.md) — скилл · 13 установок
- [depmap](https://affpapa.org/nevibecode/skills/depmap.md) — скилл · 1900 установок
- [tooluniverse-epigenomics](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-epigenomics.md) — скилл · 422 установки
- [tooluniverse-gene-enrichment](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-gene-enrichment.md) — скилл · 388 установок

Из того же набора: [google-deepmind/science-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/google-deepmind/science-skills.md) — 39 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md