# encode-ccres-database

Скилл ищет цис-регуляторные элементы (cCRE) в базе ENCODE через SCREEN GraphQL API и выгружает данные экспериментов. Пригодится для анализа промоторов или энхансеров.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 2100 установок · ★ 3329
- Автор: google-deepmind
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/encode_ccres_database/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-23
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/encode-ccres-database

## Что делает

Скилл выполняет запросы к базе данных ENCODE Registry через скрипт `scripts/screen_api.py`. Он помогает находить некодирующие участки ДНК по координатам, генам и биохимическим сигналам: DNase, H3K4me3, H3K27ac или CTCF. Для прямого поиска сырых экспериментов ChIP-seq и файлов задействуется `scripts/encode_portal_api.py`. По умолчанию запросы идут к сборке `grch38`, но при необходимости переключаются на `mm10`.

Для запуска требуется установленный менеджер `uv` в переменной PATH. Все скрипты сохраняют ответы в JSON-файлы, обычно в каталог `/tmp/`. Скилл запрещает выводить полный файл в контекст командой `cat` из-за огромного объёма данных: фильтровать выдачу нужно строго через `jq` или скрипты на Python. Это защитит контекст от переполнения.

При первом запуске инструмент проверяет наличие файла `.licenses/encode_ccres_database_LICENSE.txt` в корне проекта. Если его нет, агент уведомит об условиях использования REST API ENCODE и сохранит отметку с датой.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill encode-ccres-database -a claude-code
```
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill encode_ccres_database -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/encode_ccres_database/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/encode_ccres_database/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill encode_ccres_database -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/encode_ccres_database/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill encode_ccres_database -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/encode_ccres_database/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install google-deepmind/science-skills encode_ccres_database
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/encode_ccres_database/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill encode_ccres_database -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/google-deepmind/science-skills --path skills/encode_ccres_database
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/encode_ccres_database/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill encode_ccres_database -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/encode_ccres_database/SKILL.md

## Когда брать
- найти регуляторные элементы и энхансеры по геномным координатам в ENCODE
- получить экспрессию конкретного гена по типам клеток
- отфильтровать образцы типа A с полным набором эпигенетических меток
- выгрузить сырые эксперименты ChIP-seq через REST API ENCODE

## Примеры запросов агенту
- Найди cCREs на 11-й хромосоме в диапазоне от 5205263 до 5207263 и выгрузи результат в /tmp/search.json
- Покажи экспрессию гена GAPDH по всем биообразцам через скрипт screen_api.py
- Найди в ENCODE эксперименты с белком ZNF549 через REST API и отфильтруй их с помощью jq

## Похожие
- [encode-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/encode-skill.md) — скилл · 13 установок
- [database-lookup](https://affpapa.org/nevibecode/skills/database-lookup.md) — скилл · 2100 установок
- [polars-bio](https://affpapa.org/nevibecode/skills/polars-bio.md) — скилл · 1900 установок
- [tooluniverse](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse.md) — скилл · 479 установок
- [bioinformatics-fundamentals](https://affpapa.org/nevibecode/skills/bioinformatics-fundamentals.md) — скилл · 440 установок
- [tooluniverse-epigenomics](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-epigenomics.md) — скилл · 422 установки

Из того же набора: [google-deepmind/science-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/google-deepmind/science-skills.md) — 39 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md