# embl-ebi-ols

Скилл ищет термины, определения и связи в онтологиях EMBL-EBI OLS через готовые скрипты. Пригодится, когда агент разбирает болезни, фенотипы или функции генов.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 2100 установок · ★ 3329
- Автор: google-deepmind
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/embl_ebi_ols/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-23
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/embl-ebi-ols

## Что делает

Скилл даёт агенту доступ к Ontology Lookup Service — сервису EMBL-EBI, где собраны сотни биомедицинских онтологий: GO, DOID, HP, MONDO, CHEBI, CL, UBERON. Через него можно найти термин по ключевому слову, вытащить определение, посмотреть родителей, детей и предков, получить подсказки по неполному названию, а также метаданные онтологии и статистику индекса.

Внутри — три утилиты на Python: `search_ols.py` для поиска, `suggest_ols.py` для автодополнения и `get_term.py` для деталей термина и навигации по иерархии. Есть `get_ontology.py` и `get_stats.py`. Все запросы идут только через эти скрипты, запускаются через `uv run`, и результат пишется в файл, который задаёт обязательный флаг `--output`. Скрипты сами держат лимит в 5 запросов в секунду, так что условия использования EBI не нарушаются.

Перед первым запуском нужен установленный `uv` — без него скрипты не стартуют. Ещё скилл просит уведомить пользователя об условиях на странице API и создать в корне рабочей папки файл `.licenses/embl_ebi_ols_LICENSE.txt` с текстом уведомления и отметкой времени. Если вы не готовы, чтобы агент писал такой файл в проект, это повод проверить настройки до запуска.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill embl-ebi-ols -a claude-code
```
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill embl_ebi_ols -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/embl_ebi_ols/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/embl_ebi_ols/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill embl_ebi_ols -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/embl_ebi_ols/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill embl_ebi_ols -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/embl_ebi_ols/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install google-deepmind/science-skills embl_ebi_ols
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/embl_ebi_ols/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill embl_ebi_ols -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/google-deepmind/science-skills --path skills/embl_ebi_ols
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/embl_ebi_ols/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill embl_ebi_ols -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/embl_ebi_ols/SKILL.md

## Когда брать
- найти OBO ID термина по названию болезни
- получить определение фенотипа из онтологии HP
- посмотреть родителей и предков термина GO
- собрать дочерние термины для ветки онтологии
- подобрать онтологию под запрос: DOID, MONDO или CHEBI

## Примеры запросов агенту
- найди в doid термин myocardial infarction и покажи его родителей
- дай определение для GO:0005634
- подскажи варианты автодополнения для «diabet»

## Похожие
- [ontology-term-resolution](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ontology-term-resolution.md) — скилл · 948 установок
- [marimo-notebook](https://affpapa.org/nevibecode/skills/marimo-notebook.md) — скилл · 5900 установок
- [jupyter-notebook](https://affpapa.org/nevibecode/skills/jupyter-notebook.md) — скилл · 5600 установок
- [ncats-arax](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ncats-arax.md) — скилл · 869 установок
- [residual-edge-analyzer](https://affpapa.org/nevibecode/skills/residual-edge-analyzer.md) — скилл · 2400 установок
- [earth2studio-install](https://affpapa.org/nevibecode/skills/earth2studio-install.md) — скилл · 1900 установок

Из того же набора: [google-deepmind/science-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/google-deepmind/science-skills.md) — 39 карточек

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md